针对您提出的“二次入职能否约定试用期”的问题，这是一个涉及劳动合同法的重要议题。以下是我根据相关法律法规及权威解答，为您提供的详细分析：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的明确规定：“同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。”这一条款是判断二次入职是否可以约定试用期的核心依据。

接下来，我们分析您提到的其他相关文件或规定。虽然《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》和《关于中华人民共和国劳动法若干条文的说明》中可能存在关于不同岗位可重新约定试用期的表述，但这些文件或规定在与《劳动合同法》存在不一致时，应以《劳动合同法》为准。这是因为《劳动合同法》作为更高级别的法律规范，具有更高的法律效力。

进一步地，从实践角度来看，各地法院在处理类似案件时，也普遍遵循了《劳动合同法》的这一规定。即，无论劳动者离职后再次入职的是同一岗位还是不同岗位，同一用人单位与同一劳动者之间都只能约定一次试用期。

因此，针对您提出的具体情况——员工从本公司A岗位离职5年后，再次入职本公司B岗位（两个岗位的职责和层级完全不同），根据《劳动合同法》的规定，公司在该员工第二次招聘入职B岗位后，是不能再约定试用期的。

综上所述，二次入职时，同一用人单位与同一劳动者是不能再次约定试用期的，这是由《中华人民共和国劳动合同法》的明确规定所决定的。希望这一解答能够对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告知。