当员工医疗期满后仍不能工作，单位在处理这种情况时，需要遵循一定的法律程序和原则。以下是一个详细且深入的处理流程：

首先，确认员工状况：

• 单位应与员工进行沟通，了解其医疗期满后的身体状况和康复情况。
• 要求员工提供医疗证明或相关医生的建议，以确认其确实无法继续从事原工作。

接下来，要求员工书面确认不能从事原工作：

• 为了确保法律程序的严谨性，单位应要求员工书面确认其因健康原因无法继续从事原工作。

然后，另行安排工作：

• 根据员工的身体状况和单位的工作需求，单位应尝试为员工安排其他适合的工作岗位。
• 通知员工到新岗位上班，并明确告知如果继续请假不来上班，将构成“不能从事由用人单位另行安排的工作”。

如果员工在另行安排工作后仍然无法上班，单位需再次要求员工书面确认：

• 这一步骤是为了确保单位在解除劳动合同时有充分的法律依据。

此时，单位可以根据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同：

• 根据《劳动合同法》第四十条第一项，单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。
• 如果单位选择提前三十日书面通知，则不需要额外支付一个月工资（即代通知金）；如果未提前三十天书面通知，则必须支付代通知金。

支付经济补偿：

• 在解除劳动合同时，单位应依法支付员工相应的经济补偿，这通常包括员工在单位的工作年限、工资水平等因素。

处理争议：

• 如果双方对员工是否能够从事原工作或新工作存在争议，单位可以根据当地规定申请劳动能力（复工）鉴定。
• 根据鉴定结果，单位可以进一步调整处理方案，确保处理过程的合法性和公正性。

综上所述，当员工医疗期满后仍不能工作时，单位应通过与员工沟通、要求书面确认、另行安排工作、依法解除劳动合同并支付经济补偿等步骤来处理。同时，单位也应关注员工的权益和感受，尽量在合法合规的前提下为员工提供必要的帮助和支持。