若单位在法院开庭时已承认少算三年工龄，您可按以下步骤处理以维护自身权益：

1. 固定单位自认事实的证据
   庭审中单位承认工龄的陈述属于“自认”，具有法律效力。您需确保庭审笔录、录音录像等材料中明确记录了单位承认少算工龄的具体内容（如承认的起止年份、计算方式等）。若庭审尚未结束，可要求书记员将单位自认内容完整记入笔录并签字确认；若已结束，可向法院申请调取庭审录像或复制笔录作为证据。

2. 主张补发工龄对应的退休待遇
   工龄直接影响退休金、养老金、医保待遇等核心权益。您需根据当地社保政策，计算少算三年工龄导致的待遇差额（如基础养老金=退休时上年度社平工资×（1+本人平均缴费指数）÷2×缴费年限×1%，少算三年会直接减少该公式中的“缴费年限”）。向单位或社保部门提交书面申请，要求补发差额部分，并附上单位自认证据、社保政策依据及计算明细。

3. 申请法院出具调解书或判决书
   若单位在庭审中承认但庭后反悔，您可要求法院根据单位自认事实出具调解书（双方协商一致）或判决书（法院直接裁决）。调解书或判决书具有强制执行力，若单位拒不履行，您可直接向法院申请强制执行，要求单位配合补缴社保、补发待遇或协助办理工龄更正手续。

4. 同步推进社保行政程序
   除诉讼外，您可向当地社保部门提交《企业职工养老保险个人账户一次性支付申请表》或《工龄更正申请表》，附上单位自认证据、劳动合同、工资记录等材料，要求社保部门重新核定工龄并调整待遇。若社保部门以“单位未申报”为由拒绝，可依据《社会保险法》第八十三条，申请行政复议或提起行政诉讼。

关键提醒：

• 若单位承认工龄但主张“已过仲裁时效”，您需反驳：工龄认定属于“持续状态”，时效从知道权益受损之日起算，且单位自认行为构成时效中断，因此未超时效。
  
• 若单位主张“已按最低基数缴纳社保”，您可要求单位补缴差额部分（需提供工资流水证明实际缴费基数不足），并主张单位承担滞纳金（日万分之五）。
  

后续建议：
若您在操作过程中遇到单位拖延、社保部门推诿或计算方式争议，可随时向我补充细节（如单位类型、社保缴纳地、庭审笔录关键内容等），我会结合具体政策为您制定更精准的维权方案。