这种情况确实可能存在问题，一般来说，刑事自诉通知已经立案后又出具不予立案裁定书，很可能是违法的，但具体是否违法还需结合实际情况判断。以下从几个角度为你详细分析：
立案与不予立案的法定程序
在刑事诉讼中，立案是一个重要的程序节点，它标志着刑事诉讼程序的正式启动。当公安机关、人民检察院或人民法院认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，会依法立案。而一旦立案，就意味着案件已经进入了刑事诉讼的轨道，相关机关应当依法进行侦查、起诉或审判。
不予立案则是指相关机关在审查后，认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任时，作出的决定。不予立案决定通常是在立案前作出的，用于终止不必要的刑事诉讼程序。
立案后出具不予立案裁定书的违法性分析
程序违法：
- 如果一个案件已经被正式立案，那么相关机关就应当依法进行后续的诉讼程序，如侦查、起诉或审判。此时再出具不予立案裁定书，显然违反了法定的诉讼程序。因为不予立案决定应当在立案前作出，一旦立案，就不应再出具不予立案的裁定。
实体违法：
- 从实体法的角度来看，如果案件已经立案，说明相关机关已经认为有犯罪事实需要追究刑事责任。此时再出具不予立案裁定书，可能意味着对案件事实的认定发生了根本性变化，或者是对法律适用的错误理解。这种变化或错误理解如果没有合理的解释和依据，就可能构成实体上的违法。
可能的例外情况
当然，也存在一些可能的例外情况，使得立案后出具不予立案裁定书并不完全违法。例如：
- 案件撤销或终止：在立案后，如果发现案件存在某些法定情形（如犯罪嫌疑人死亡、已过追诉时效期限等），导致案件无法继续进行，相关机关可能会依法撤销或终止案件。在这种情况下，虽然出具了类似不予立案的文书，但实际上是基于案件本身的特殊情况，而非程序或实体上的违法。
- 裁定书性质与内容：需要仔细审查不予立案裁定书的性质和内容。如果裁定书实际上是对之前立案决定的某种修正或补充（尽管这种情况极为罕见），且符合法律规定的条件和程序，那么可能不构成违法。但这种情况需要严格的法律解释和证据支持。
应对建议
如果你遇到了这种情况，我建议你：
- 仔细审查相关文书：首先，要仔细审查立案通知书和不予立案裁定书的内容，了解相关机关作出这些决定的依据和理由。
- 咨询专业律师：如果认为相关机关的决定存在违法或不当之处，可以咨询专业律师，了解自己的权利和救济途径。
- 依法维权：根据律师的建议和法律规定，可以依法向相关机关提出申诉、复议或提起诉讼等，以维护自己的合法权益。
最后需要强调的是，每个案件都有其独特的事实和法律背景，因此不能一概而论地认为立案后出具不予立案裁定书就一定违法。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。