核心结论：合同走完流程后甲方不认可合同水印，需根据不同情况采取不同措施，关键在于判断水印是否影响合同实质内容以及双方此前对水印有无约定。以下是具体分析：

1. 若双方此前对合同水印有明确约定
   • 情况分析：如果双方在合同签订前或者合同条款中，对合同所使用的水印有明确规定，比如水印的样式、位置、内容等，那么甲方不认可合同水印就属于违约行为。因为甲方已经同意了特定的水印要求，现在不认可违背了之前的约定。
   • 应对措施：你可以先与甲方进行友好协商，提醒甲方双方之前关于水印的约定，要求甲方按照约定履行。如果协商不成，你可以收集相关证据，如双方关于水印约定的聊天记录、邮件等，向法院提起诉讼，要求甲方继续履行合同或者承担违约责任。
2. 若双方此前对合同水印无明确约定
   • 水印不影响合同实质内容
     • 情况分析：如果水印只是起到装饰、防伪等辅助作用，并不影响合同的实质条款和双方的权利义务，那么甲方不认可水印可能只是其主观上的看法，并不影响合同的效力。
     • 应对措施：你可以向甲方解释水印的作用和不影响合同效力的情况，尽量说服甲方接受合同。如果甲方仍然坚持不认可，但从法律角度合同依然有效，你可以按照合同约定继续履行自己的义务，同时保留好合同原件等相关证据，以防甲方后续以水印问题为由提出其他主张。
   • 水印影响合同实质内容
     • 情况分析：假如水印的存在导致合同的关键条款模糊不清、难以辨认，或者水印覆盖了重要信息，影响了双方对合同内容的理解和履行，那么这种情况下合同可能存在瑕疵。
     • 应对措施：你可以与甲方协商重新制作合同，明确水印的使用方式，确保不影响合同实质内容。如果协商不成，你可以根据实际情况考虑是否解除合同。如果解除合同，可能需要按照法律规定和合同约定处理合同解除后的相关事宜，如返还已支付的款项、赔偿损失等。