面对公司规章制度不合法的情况，这确实是一个需要谨慎处理的问题。首先，我们要明确的是，公司规章制度必须严格遵守国家法律法规，并确保其制定程序、内容以及公示方式都合法合规。接下来，我将从几个方面详细阐述如何应对公司规章制度不合法的问题。

一、识别规章制度的不合法性

员工在发现公司规章制度可能存在问题时，首先要做的是仔细审查该制度的具体内容。要关注其是否违反了国家法律法规的强制性规定，比如劳动法中关于工作时间、休息休假、劳动报酬等方面的规定。同时，也要留意制度是否体现了公平合理的原则，有无对员工进行歧视或不公平的对待。

二、与公司进行协商

一旦确认公司规章制度存在不合法之处，员工应首先尝试与公司进行友好协商。在协商过程中，可以明确表达对公司不合理规定的不满和担忧，并提出具体的修改建议。通过沟通，寻求双方都能接受的解决方案，这是最为理想和高效的处理方式。

三、寻求外部调解

如果与公司协商无果，员工可以考虑向劳动争议调解委员会或其他相关调解组织申请调解。调解组织将协助双方进行沟通，努力达成和解协议。这种方式相对灵活，且成本较低，有助于快速解决问题。

四、申请劳动仲裁

若调解也无法解决问题，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，员工需要提供充分的证据来支持自己的主张，比如规章制度违反法律法规的具体条款、对自己造成的实际损害等。仲裁机构将依法进行裁决，员工应尊重并执行仲裁结果。

五、提起法律诉讼

如果对仲裁结果不满意，员工还可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要继续提供充分的证据来证明自己的主张，并通过司法途径来解决纠纷。虽然诉讼过程可能较为漫长和复杂，但它是维护员工合法权益的最后一道防线。

六、保留相关证据

在处理公司不合理规章制度的过程中，员工应注意保留相关证据。这些证据可能包括公司规定文件、工资单、工作记录、沟通记录等。这些证据将在协商、调解、仲裁或诉讼过程中发挥重要作用，帮助员工证明自己的主张并维护自己的合法权益。

七、关注公司规章制度的更新与审查

此外，员工还应关注公司规章制度的定期审查与更新情况。随着国家法律法规的变化和公司实际情况的发展，公司应及时调整和完善规章制度，确保其始终符合法律规定和公司的实际需求。员工可以积极参与规章制度的制定和修改过程，提出自己的意见和建议，共同推动公司规章制度的合法化和合理化。

综上所述，面对公司规章制度不合法的情况，员工应保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。同时，也希望公司能够重视规章制度的合法性和合理性，为员工创造一个公平、公正、合法的工作环境。