结论：进单位入职三个月只发基本工资是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同约定：

   • 如果劳动合同中明确约定了试用期内的工资标准，且该标准不低于当地最低工资标准，同时试用期工资不低于劳动合同约定工资的80%，那么单位只发基本工资（假设基本工资符合上述条件）是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十条，劳动者在试用期的工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准。

2. 试用期时长与工资关系：

   • 试用期时长需符合法律规定，即劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
   • 如果试用期时长超过法定标准，那么单位在超出的试用期内只发基本工资就是违法的。
   • 举例：若劳动合同期限为一年，约定试用期为三个月，则超出的一个月试用期是违法的，单位在这一个月内只发基本工资也是违法的。

3. 工资构成与发放：

   • 工资通常包括基本工资、奖金、津贴等。如果劳动合同或单位规章制度中明确规定了工资构成，且基本工资是工资的一部分，那么单位在试用期内只发放基本工资（假设符合劳动合同和法律规定）并不违法。
   • 但如果单位在试用期内完全不发奖金、津贴等其他部分，且这些部分在劳动合同或规章制度中有明确规定，那么单位的行为可能构成违法。

4. 最低工资标准：

   • 无论试用期还是正式期，单位发放的工资都不得低于当地最低工资标准。如果基本工资低于最低工资标准，那么单位的行为是违法的。

建议：

• 如果你对单位的工资发放有疑问，首先应查看劳动合同和单位规章制度中关于工资和试用期的规定。
• 如果发现单位的行为违反了法律规定或劳动合同约定，你可以与单位进行协商，要求单位按照法律规定和合同约定发放工资。
• 如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果你有具体的劳动合同、工资条等证据材料，可以进一步向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。
• 如果你对劳动仲裁流程不熟悉，也可以向我咨询，我会为你提供相关的法律指导和帮助。