结论：公司因经营需要安排员工休息三个月只发基本工资是否合法，需根据具体情况判断，主要看是否符合法律法规的规定以及劳动合同的约定。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规层面
《工资支付暂行规定》的相关规定：
- 根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。
- 若超过一个工资支付周期，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。这里的“国家有关规定”通常指的是生活费标准，该标准一般低于最低工资标准，具体由各地自行规定。
地方性法规或规章：
- 不同地区可能有关于停工停产期间工资支付的具体规定。例如，某些地区可能规定，在停工停产超过一定期限后，用人单位需按照一定比例支付劳动者生活费。
二、劳动合同约定层面
- 劳动合同是用人单位与劳动者之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了因经营需要安排员工休息期间的工资支付标准，且该标准不低于法律法规规定的最低标准，则公司按照合同约定支付基本工资可能是合法的。
- 若劳动合同中未明确约定或约定不明确，则需依据法律法规的规定来确定工资支付标准。
三、实际操作建议
核查劳动合同：
- 首先，员工应核查自己的劳动合同，看其中是否有关于停工停产期间工资支付的具体约定。
了解地方规定：
- 其次，员工应了解所在地区关于停工停产期间工资支付的具体规定，以确定公司支付的基本工资是否符合当地标准。
与公司协商：
- 若员工认为公司支付的工资不符合法律法规或劳动合同的约定，可以与公司进行协商，要求公司按照规定支付工资。
寻求法律援助：
- 若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
四、可能面临的法律后果
- 若公司未按照法律法规或劳动合同的约定支付工资，员工有权要求公司补发工资，并可能要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
- 同时，公司还可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
总结：公司因经营需要安排员工休息三个月只发基本工资是否合法，需根据具体情况判断。员工应核查劳动合同、了解地方规定，并与公司进行协商。若协商无果，可以寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。