结论：只发放基本工资是否合法，需结合劳动合同约定、工资支付规定及实际履行情况综合判断。若符合法定及约定条件，则合法；否则可能涉及违法。以下从不同角度展开分析：

1. 劳动合同约定优先

• 合法情形：若劳动合同中明确约定工资结构为“基本工资+绩效/奖金/补贴等”，且约定“仅发放基本工资”的条件（如停工停产、员工考核不合格等），同时符合《劳动合同法》第17条（工资条款需明确）及第35条（变更需协商一致）的规定，则合法。
• 风险点：若劳动合同未约定“仅发基本工资”的条件，或单位单方面变更工资结构（如未与员工协商一致），则可能构成违法降薪，员工可依据《劳动合同法》第38条主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。

2. 法定最低工资保障

• 合法底线：根据《劳动法》第48条，用人单位支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若“基本工资”本身已高于或等于最低工资，且单位未克扣其他法定工资（如加班费、社保个人部分等），则合法。
• 违法情形：若“基本工资”低于最低工资标准，或单位通过拆分工资结构（如将部分工资列为“补贴”后停发）变相降低实际工资，则违反《最低工资规定》第12条，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 特殊情形下的工资支付

• 停工停产期间：根据《工资支付暂行规定》第12条，非因劳动者原因停工停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同约定支付工资；超过一个周期的，若劳动者提供正常劳动，工资不得低于最低工资标准；若未提供正常劳动，可按不低于最低工资的70%支付生活费。此时“仅发基本工资”可能合法，但需符合上述条件。
• 医疗期/工伤期间：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第5条，员工医疗期内工资不得低于当地最低工资的80%；工伤期间则按《工伤保险条例》享受停工留薪期待遇。若单位在此期间“仅发基本工资”且低于法定标准，则违法。

4. 操作建议

• 对单位：
  
  1. 在劳动合同中明确工资结构及“仅发基本工资”的触发条件（如停工停产、考核不合格等）；
     
  2. 确保“基本工资”不低于当地最低工资标准；
     
  3. 变更工资结构时需与员工协商一致并签订书面协议。
     
• 对劳动者：
  
  1. 核对劳动合同中关于工资的约定；
     
  2. 保留工资条、银行流水等证据；
     
  3. 若发现单位违法克扣工资，可先与单位协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结：只发放基本工资是否合法，需结合合同约定、法定标准及实际履行情况判断。单位应谨慎操作，避免违法风险；劳动者应主动维权，确保合法权益不受侵害。如有具体问题，可直接向我咨询。