结论：在您与a公司签订劳动合同却在b公司工作的情况下，发生纠纷时是否可以同时起诉两个公司，这取决于多个因素，包括实际用工关系、合同内容以及纠纷的具体性质。以下是对此问题的详细分析：

1. 实际用工关系与合同关系：

   • 如果您虽然与a公司签订了劳动合同，但实际上是在为b公司工作，且b公司是您的实际用工单位（例如，a公司可能是b公司的关联公司、子公司或劳务派遣单位），那么根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，您与b公司之间可能形成了事实上的劳动关系。在这种情况下，如果发生劳动纠纷，您通常需要根据实际用工关系来确定被告。如果b公司是实际用工单位，且纠纷与其直接相关，那么您主要应起诉b公司。然而，如果a公司作为合同签订方在纠纷中也有责任（例如，未履行合同义务或存在过错），则您也可以考虑将a公司列为共同被告。
   • 如果a公司与b公司之间存在劳务派遣协议，且您是被派遣到b公司工作的，那么根据《劳务派遣暂行规定》，在劳务派遣中，劳务派遣单位（a公司）与用工单位（b公司）为共同被告的情况主要出现在劳务派遣单位、用工单位违反法律规定给被派遣劳动者造成损害时。此时，您可以根据具体情况选择起诉一个或两个公司。

2. 合同内容与纠纷性质：

   • 审查您与a公司签订的劳动合同，看其中是否有关于工作地点、工作内容、用工单位等条款的约定。如果合同中明确规定了您将在b公司工作，且纠纷与合同内容直接相关（例如，关于工资支付、工作时间、福利待遇等），那么您可能需要根据合同内容来确定被告。
   • 如果纠纷涉及多个方面，且a公司和b公司都在不同程度上涉及其中（例如，a公司未按时支付工资，而b公司未提供必要的劳动条件），那么您可以考虑同时起诉两个公司。

3. 法律建议与策略：

   • 收集证据：在决定起诉之前，务必收集充分的证据来证明您的主张，包括劳动合同、工作记录、工资单、通讯记录等。
   • 咨询专业律师：由于劳动纠纷可能涉及复杂的法律关系和证据收集，建议您在起诉前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和策略。
   • 考虑调解或仲裁：在起诉之前，您也可以考虑通过调解或仲裁等非诉讼方式来解决纠纷，这通常可以更快地解决问题并减少成本。

特殊情况说明：如果a公司和b公司之间存在某种合作或关联关系，且这种关系导致了纠纷的产生或加剧，那么您在起诉时可能需要更详细地阐述这种关系以及它如何影响了您的权益。此外，如果纠纷涉及多个法律领域（如劳动法和合同法），您可能需要更全面地考虑法律适用和诉讼策略。

后续行动建议：如果您决定起诉，建议您尽快行动，因为劳动纠纷的诉讼时效可能有限制。同时，保持与律师的密切沟通，确保您的权益得到充分保护。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。