结论：劳动关系在A公司，但实际工作在B公司的情况下，能否起诉B公司需视具体情况而定，以下分情况详细说明。
一、若B公司为实际用工单位，且存在违法用工行为
法律关系分析：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动关系是指用人单位与劳动者之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。若您的劳动关系虽在A公司，但实际工作由B公司安排，且B公司对您进行实际管理、支付工资等，那么B公司可能构成实际用工单位。
- 在这种情况下，若B公司存在违法用工行为，如未签订劳动合同、未支付加班费、未缴纳社会保险等，您有权向B公司主张相关权益。
起诉建议：
- 若您决定起诉B公司，需收集相关证据，如工作证、工资条、考勤记录、工作安排等，以证明B公司为实际用工单位且存在违法用工行为。
- 您可以向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，要求B公司承担相应法律责任。若对仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼。
二、若B公司仅为关联公司或合作单位，未构成实际用工关系
法律关系分析：
- 若B公司仅为A公司的关联公司或合作单位，并未与您建立实际用工关系，即未对您进行实际管理、支付工资等，那么您通常不能直接起诉B公司。
- 在这种情况下，您的劳动关系仍在A公司，若A公司存在违法用工行为，您应向A公司主张相关权益。
应对建议：
- 若您认为A公司存在违法用工行为，同样可以收集相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。
- 若仲裁结果不满意，您还可以向人民法院提起诉讼，要求A公司承担相应法律责任。
三、特殊情况：劳务派遣或借调等
法律关系分析：
- 若您属于劳务派遣员工或被借调至B公司工作，那么您的劳动关系仍在原派遣单位或借出单位（即A公司），但实际用工单位为B公司。
- 在这种情况下，若B公司存在违法用工行为，您通常应先向A公司反映情况，由A公司与B公司协商解决。若协商无果，您也可以根据具体情况选择向A公司或B公司主张权益，但需根据具体法律法规和合同约定来确定责任主体。
起诉建议：
- 在劳务派遣或借调等特殊情况下，起诉前需仔细审查劳动合同、派遣协议或借调协议等文件，明确各方权利义务关系。
- 若决定起诉，需根据具体情况选择合适的被告主体，并收集充分证据以支持自己的主张。
总结与建议：劳动关系在A公司但实际工作在B公司的情况下，能否起诉B公司需视具体情况而定。建议您先收集相关证据，明确B公司是否为实际用工单位以及是否存在违法用工行为。若B公司构成实际用工单位且存在违法用工行为，您有权向其主张相关权益；若B公司仅为关联公司或合作单位且未构成实际用工关系，则您应向A公司主张权益。在处理此类纠纷时，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。