针对企业员工入室盗窃6000元且企业包庇的情况，处理方式需分两部分进行：一是对员工盗窃行为的处理，二是对企业包庇行为的处理。以下从这两个角度进行详细分析：
一、员工盗窃行为的处理
刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条的规定，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。入室盗窃6000元，通常会被认定为“数额较大”，因此员工可能面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金的刑事处罚。
量刑情节：
- 在量刑时，法院会考虑盗窃的数额、次数、手段、是否退赃退赔、是否取得被害人谅解等因素。如果员工能够积极退赃退赔，取得企业谅解，可能会从轻或减轻处罚。
刑事诉讼程序：
- 企业作为被害人，可以向公安机关报案，由公安机关立案侦查。侦查终结后，案件会移送至检察院审查起诉。检察院认为犯罪事实清楚，证据确实充分的，会向法院提起公诉。在诉讼过程中，员工有权委托律师进行辩护。
二、企业包庇行为的处理
行政责任：
- 如果企业明知员工有盗窃行为而予以包庇，不向公安机关报案，可能构成违反治安管理行为。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，企业可能面临警告、罚款等行政处罚。但需注意，此处的“企业”作为单位，其直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能受到处罚，而非企业本身直接受罚（在治安管理处罚层面，通常针对个人，但单位若存在教唆、胁迫等情形，相关责任人员会受罚；在刑事层面，单位可构成犯罪主体）。不过，若从单位管理责任角度，相关监管部门可对企业进行行政指导、要求整改等。
刑事责任：
- 如果企业包庇员工盗窃行为，情节严重，可能构成窝藏、包庇罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百一十条的规定，明知是犯罪的人而为其提供隐藏处所、财物，帮助其逃匿或者作假证明包庇的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑。但需注意，此罪通常针对个人，若企业以单位名义实施且情节严重，可能涉及单位犯罪，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。不过，在司法实践中，对于单位构成窝藏、包庇罪的认定较为严格，需具体分析企业包庇行为的具体情节和后果。
应对措施：
- 企业应立即停止包庇行为，并积极配合公安机关的调查工作。如果企业已经意识到包庇行为的错误性，可以主动向公安机关说明情况，提供相关证据，以减轻或免除可能的法律责任。
建议：
- 对于员工而言，应认识到盗窃行为的严重性，积极退赃退赔，争取企业的谅解，并主动配合司法机关的调查工作，以争取从轻或减轻处罚。
- 对于企业而言，应严格遵守法律法规，不得包庇员工的违法犯罪行为。一旦发现员工有盗窃等违法犯罪行为，应立即向公安机关报案，并积极配合调查工作。同时，企业应加强内部管理，完善相关制度，防止类似事件再次发生。
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