结论：在综合计算工时工作制下，夜班工作16小时是否违法，需结合具体批准的计算周期和实际工作情况来判断，若计算周期内总工作时间远超法定标准，则可能构成违法。以下从不同角度详细分析：

1. 综合计算工时工作制的基本规定

   • 综合计算工时工作制是一种特殊的工时制度，它允许用人单位根据生产经营需要，在保障劳动者身体健康的前提下，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方式。但在计算周期内，劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，即每日不超过8小时，每周不超过40小时（或平均每周不超过44小时，根据具体法规和地区规定可能有所不同）。

2. 夜班工作16小时的合法性分析

   • 若计算周期内总工作时间未超标：在综合计算工时工作制下，如果夜班工作16小时是在一个合理的计算周期内（如一个月内），且该周期内的总工作时间未超过法定标准工作时间（考虑加班时间的限制），那么这种工作安排可能是合法的。但这种情况较为罕见，因为夜班工作16小时本身已经远超每日8小时的标准工作时间。
   • 若计算周期内总工作时间超标：如果夜班工作16小时导致计算周期内的总工作时间远超法定标准工作时间，那么这种工作安排就构成了违法。根据《劳动法》的相关规定，用人单位由于生产经营需要延长工作时间的，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。工作16小时显然超过了这些限制。

3. 特殊情况下的考虑

   • 紧急情形或特殊行业：在自然灾害、事故等威胁劳动者生命健康和财产安全的紧急情况下，或生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障必须及时抢修时，工作时间可能不受上述限制。但这种情况需要严格的法定条件和程序，且通常不适用于一般的夜班工作。
   • 劳动者同意与协商：即使实行综合计算工时工作制，用人单位也应与劳动者协商一致，并确保劳动者的身体健康不受损害。如果劳动者对夜班工作16小时有异议，用人单位应尊重劳动者的意见并作出合理调整。

4. 法律后果与维权建议

   • 法律后果：如果用人单位违反劳动法规定延长劳动者工作时间，由劳动保障行政部门给予警告，责令限期改正，并可以按照受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算，处以罚款。
   • 维权建议：如果劳动者遇到长时间超时工作的情况，首先应与用人单位协商解决，要求支付加班工资或合理调整工作时间。协商不成时，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结：在综合计算工时工作制下，夜班工作16小时是否违法需结合具体批准的计算周期和实际工作情况来判断。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取合法手段维护自己的休息时间和工作条件。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。