结论：实发工资4000元但公积金按最低基数缴存是否合法，需分情况判断，关键看当地公积金缴存基数下限及单位申报的合理性。具体分析如下：

1. 若当地公积金缴存基数下限≤4000元，且单位申报基数合法

根据《住房公积金管理条例》第十六条，职工住房公积金月缴存基数为职工本人上一年度月平均工资，但各地会设定缴存基数下限（通常为当地最低工资标准或社平工资的60%）。若当地规定的公积金缴存基数下限≤4000元，且单位按职工实际工资（4000元）申报缴存基数，则合法；若单位申报的基数低于职工实际工资但符合当地下限（如当地下限为2000元，单位按2000元申报），虽未按实际工资缴存，但因符合最低标准，仍属合法。

2. 若当地公积金缴存基数下限＞4000元，或单位申报基数低于实际工资且低于下限

若当地规定的公积金缴存基数下限高于4000元（如5000元），而单位仍按4000元申报，则违反《住房公积金管理条例》中“缴存基数不得低于下限”的规定；若单位申报的基数低于职工实际工资（4000元）且低于当地下限（如当地下限为3000元，单位按2500元申报），同样违法。此时职工可向当地住房公积金管理中心投诉，要求单位补缴差额。

3. 特殊情形：单位通过“拆分工资”规避缴存义务

若单位将职工工资拆分为“基本工资+补贴”（如基本工资2000元+补贴2000元），仅按基本工资申报公积金基数，而补贴部分不计入，则可能涉嫌违法。根据规定，缴存基数应包括职工工资总额（含基本工资、奖金、津贴等），单位不得通过拆分工资降低缴存基数。

行动建议

1. 查询当地公积金缴存基数下限：可通过当地住房公积金管理中心官网或拨打12329热线确认；
   
2. 核对工资条与公积金缴存记录：确认单位申报的基数是否与实际工资一致；
   
3. 维权途径：若发现单位违法，可向公积金管理中心投诉，或通过劳动仲裁主张权益。
   

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