结论：工资13000元而公积金缴存基数为4960元，这一做法是否合法，需结合具体情况判断，一般情况下若4960元不低于当地最低工资标准且符合公积金缴存基数规定，则合法；若低于当地最低工资标准或不符合公积金缴存基数的相关规定，则不合法。以下为详细分析：

一、公积金缴存基数的确定原则

公积金缴存基数通常是根据职工上一年度的月平均工资来确定的，但也有一些特殊情况或地区性规定。根据《住房公积金管理条例》及相关规定，公积金缴存基数一般应不低于当地最低工资标准，且有一个上限，即不超过当地职工月平均工资的3倍（具体倍数可能因地区而异）。

二、合法性分析

1. 若4960元不低于当地最低工资标准：

   • 在这种情况下，如果4960元是作为公积金缴存基数，且该基数符合当地公积金管理中心的规定（即不超过当地职工月平均工资的3倍，且不低于最低工资标准），那么这种做法是合法的。

2. 若4960元低于当地最低工资标准：

   • 如果4960元作为公积金缴存基数，但低于当地的最低工资标准，那么这种做法是不合法的。因为根据相关规定，公积金缴存基数应不低于当地最低工资标准。

3. 特殊情况或地区性规定：

   • 还需要考虑是否存在特殊情况或地区性规定。例如，某些地区可能对公积金缴存基数有特定的要求或限制，或者对某些行业、岗位的职工有特殊的公积金缴存政策。

三、建议与行动

1. 核实当地最低工资标准：

   • 首先，你需要核实你所在地区的最低工资标准是多少。这可以通过查询当地政府或劳动保障部门的官方网站来获取。

2. 咨询当地公积金管理中心：

   • 其次，你可以咨询当地的公积金管理中心，了解他们对公积金缴存基数的具体规定和要求。他们可以提供最准确、最权威的信息。

3. 与用人单位沟通：

   • 如果你认为你的公积金缴存基数存在问题，你可以与用人单位进行沟通，了解他们确定缴存基数的依据和理由。如果用人单位的解释不合理或不符合相关规定，你可以考虑采取进一步的法律措施。

四、可能的法律后果

• 如果用人单位未按照规定为职工缴存公积金或缴存基数不符合规定，可能会面临公积金管理中心的处罚，包括责令限期缴存、罚款等。
• 对于职工来说，如果用人单位未依法缴存公积金，职工有权向公积金管理中心投诉或举报，并要求用人单位补缴公积金。

举例说明：假设你所在地区的最低工资标准是5000元/月，而你的工资是13000元/月，但公积金缴存基数却是4960元/月。在这种情况下，由于4960元低于最低工资标准5000元/月，因此这种做法是不合法的。你应该与用人单位沟通并要求他们按照规定调整公积金缴存基数。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。