核心结论：公司规定工伤休假三个月，复查时医生建议继续休息，这种情况下，员工应按照以下步骤处理，以保障自身合法权益。

1. 及时与公司沟通：

   • 员工应第一时间将医生出具的继续休息的建议书或诊断证明提交给公司的人力资源部门或直接上级。
   • 沟通时，明确说明医生建议继续休息的原因、期限以及必要的治疗措施，确保公司了解员工的实际健康状况。

2. 了解公司政策与法律规定：

   • 查阅公司的员工手册、劳动合同或相关规章制度，了解公司对于工伤休假及延长休假的具体规定。
   • 根据《工伤保险条例》等相关法律法规，工伤员工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。

3. 申请延长工伤休假：

   • 如果医生建议的继续休息期限在公司规定的工伤休假期限之外，且符合法律法规关于停工留薪期延长的条件，员工应向公司提出书面申请，请求延长工伤休假。
   • 申请时，附上医生的诊断证明、建议书以及可能需要的医疗记录等证据材料，以支持延长休假的请求。

4. 关注公司反馈与协商：

   • 等待公司的反馈，如果公司同意延长休假，应明确延长的时间、工资待遇等事项，并最好以书面形式确认。
   • 如果公司不同意延长休假，员工可以与公司进行协商，解释医生建议的合理性及必要性，争取公司的理解和支持。

5. 寻求法律援助或调解：

   • 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求行政调解或援助。
   • 必要时，员工还可以考虑通过法律途径解决争议，如申请劳动仲裁或提起诉讼，以维护自己的合法权益。

额外建议：在整个过程中，员工应保持与医生的密切沟通，确保医生了解自己的工作情况和休假需求，以便医生能够出具更加准确、合理的诊断证明和建议书。同时，员工也应保留好所有与工伤休假相关的证据材料，以备不时之需。

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