结论：体制内公休假只允许5天是否违规，不能一概而论，需结合具体的工作年限、单位规定以及地方性法规来判断。

分析：

1. 国家层面规定：

   • 根据《职工带薪年休假条例》第三条，职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。这是国家层面的基本规定，为职工年休假提供了最低保障。

2. 单位规定与地方性法规：

   • 体制内单位，如政府机关、事业单位等，通常会遵循国家层面的规定，但也可能根据自身情况或地方性法规制定更具体的年休假政策。
   • 有些地方或单位可能会根据工作性质、岗位需求或员工福利等因素，对年休假天数进行适当调整。例如，某些特殊岗位或高强度工作的员工可能享有更多的年休假天数。

3. 判断违规的标准：

   • 如果单位规定的年休假天数低于国家层面规定的最低标准（即工作已满1年不满10年的员工年休假少于5天），则显然违规。
   • 如果单位规定的年休假天数符合或高于国家层面规定的标准，但仅针对特定员工群体（如新入职员工）设定了较低的年休假天数（如5天），而其他员工群体享有更多天数，则需进一步分析该规定是否合理、公平，以及是否违反了相关法律法规的平等原则。不过，在一般情况下，只要单位对所有符合相同条件的员工一视同仁，且不低于国家最低标准，就不构成违规。
   • 另外，如果地方性法规或单位内部规定提供了比国家层面更优惠的年休假政策（如工作已满1年即可享受10天年休假），则单位应遵守这些更优惠的规定。

4. 实际操作建议：

   • 员工应首先了解自己所在单位的具体年休假政策，以及地方性法规的相关规定。
   • 如果认为单位的年休假政策违反了国家层面或地方性法规的规定，可以向单位的人力资源部门或相关负责人提出咨询或申诉。
   • 在必要时，员工也可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。

举例：

• 假设某员工在体制内工作已满5年，按照国家层面规定应享有10天年休假。但如果其所在单位规定所有员工年休假均为5天，且该规定未违反任何地方性法规或内部公平原则（如所有员工一视同仁），则该规定虽不优惠但不一定违规（不过实际上这种情况较为少见，因为单位通常会遵循或优于国家规定）。然而，如果单位仅针对该员工或某类员工设定了较低的年休假天数，而其他员工享有更多天数，则可能构成违规。

总结：体制内公休假只允许5天是否违规，需根据具体的工作年限、单位规定以及地方性法规来综合判断。员工应了解自己的权益和单位的规定，必要时寻求法律援助或投诉以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。