如果实际工资低于发放工资，在劳动仲裁中，你可以按照以下步骤来维护自己的合法权益：
收集证据：
- 工资条或银行流水：这是最直接的证据，能够证明你实际收到的工资数额。
- 劳动合同：劳动合同中通常会约定工资标准，如果实际发放的工资低于合同约定，这也是有力的证据。
- 其他相关证据：如公司内部的工资制度、考勤记录、工作评价等，这些证据可以辅助证明你的工资情况。
明确仲裁请求：
- 在申请劳动仲裁时，你需要明确自己的仲裁请求，比如要求公司补发工资差额、支付经济补偿金等。
- 仲裁请求应当具体、明确，并且有相应的证据支持。
提交仲裁申请：
- 向当地劳动仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
- 仲裁申请应当包括你的基本信息、公司的基本信息、仲裁请求、事实和理由等。
参与仲裁过程：
- 在仲裁过程中，你需要积极参与，按照仲裁委员会的要求提供证据、陈述事实和理由。
- 如果公司提出反驳或抗辩，你也需要准备相应的证据和理由进行回应。
等待仲裁结果：
- 仲裁委员会会根据双方提供的证据和陈述，作出仲裁裁决。
- 如果裁决支持你的请求，公司应当按照裁决结果履行义务；如果公司不履行，你可以向法院申请强制执行。
法律背景与建议：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果用人单位未按照约定支付工资，劳动者有权要求用人单位补发工资差额，并可能要求支付经济补偿金。
- 建议：在申请劳动仲裁前，你可以先尝试与公司进行协商，看是否能够达成和解。如果协商无果，再考虑申请劳动仲裁。同时，在仲裁过程中，要保持冷静和理性，按照仲裁委员会的要求提供证据和陈述事实，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果仲裁裁决支持你的请求，公司应当按照裁决结果履行义务，包括补发工资差额和支付经济补偿金等。
- 如果公司不履行仲裁裁决，你可以向法院申请强制执行，法院将会采取相应的措施来强制公司履行义务。
特殊情况说明：
- 如果公司主张实际发放的工资已经包含了各种补贴、奖金等，而你认为这些并不属于工资范畴，或者公司存在故意隐瞒、虚报工资的情况，你需要提供相应的证据来证明自己的主张。
- 如果劳动合同中没有明确约定工资标准，或者约定不明确，你可以参考同行业、同岗位的工资水平，以及公司的工资制度等来主张自己的工资权益。
总之，如果实际工资低于发放工资，在劳动仲裁中，你需要收集充分的证据来证明自己的主张，并明确仲裁请求和参与仲裁过程。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。