结论：公司这样的做法是否合法，需要分情况讨论，关键在于公司扣除绩效和考核工资是否有合法依据以及扣除的比例是否合理。
一、公司扣除绩效和考核工资的合法依据
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了工资构成，包括基本工资和绩效工资，并且约定了绩效工资的考核方式和扣除条件，那么公司按照合同约定扣除绩效工资是合法的。
公司规章制度规定：
- 如果公司有完善的规章制度，且该规章制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向劳动者进行了公示或告知，规章制度中明确规定了绩效工资的考核标准和扣除条件，那么公司依据规章制度扣除绩效工资也是合法的。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。如果劳动合同或规章制度中有关于绩效工资扣除的合法约定或规定，用人单位可以据此进行扣除。
二、扣除比例是否合理
合理范围：
- 即使公司有合法依据扣除绩效工资，扣除的比例也应当合理。一般来说，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。如果扣除比例过高，导致劳动者实际收入远低于正常水平，可能被视为不合法。
具体案例：
- 假设您所在地区的最低工资标准为每月2000元，而您的基本工资为5000元，绩效工资为4000元。如果公司因为考核不合格扣除您3000元的绩效工资，导致您实际收入为6000元（5000基本工资+1000绩效工资），这仍然是合法的，因为您的实际收入高于最低工资标准。但如果公司扣除您4000元绩效工资，导致您实际收入为5000元（仅基本工资），虽然高于最低工资标准，但如果扣除比例过高且没有合理依据，也可能引发争议。
三、您的权益保护
核对合同和规章制度：
- 首先，您需要核对劳动合同和公司规章制度中关于绩效工资的约定和规定，确认公司扣除绩效工资是否有合法依据。
与公司沟通：
- 如果您认为公司扣除绩效工资的比例过高或没有合法依据，可以与公司进行沟通，要求公司提供合理的解释和依据。
申请劳动仲裁：
- 如果沟通无果，您可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，您需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、公司规章制度等。
四、建议
保留证据：
- 建议您保留好劳动合同、工资条、公司规章制度等相关证据，以备不时之需。
及时咨询：
- 如果您对公司扣除绩效工资的做法有疑问或不满，可以及时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
关注最低工资标准：
- 您还需要关注当地最低工资标准的变化，确保自己的实际收入不低于最低工资标准。
总之，公司扣除绩效和考核工资是否合法，取决于是否有合法依据以及扣除比例是否合理。如果您对此有疑问或不满，可以及时采取措施维护自己的合法权益。