公司考核扣发员工绩效是否合法，主要取决于公司的绩效考核制度是否合理、公平、透明，并且是否按照劳动合同或相关规章制度严格执行。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法情况：

   • 明确的规章制度与民主程序：公司必须依法制定并经职工代表大会或全体职工讨论，确定绩效考核制度和绩效工资扣减办法。这一过程中需充分听取并考虑员工意见，确保制度的合理性和公正性。若劳动合同或公司规章制度中明确规定了绩效奖金的发放条件、考核标准等，且这些规章制度经过民主程序制定并向员工公示，那么在员工未达到约定绩效标准时，公司按规定扣除相应绩效工资是合法的。
   • 合理的绩效考核标准与证据支持：绩效考核标准应设定得合理、明确，不超出员工正常能力范围，且公司需有充分的证据证明员工的绩效确实未达到考核标准，如员工签字确认的绩效评估表、工作任务完成记录等。
   • 劳动合同中的明确约定：劳动合同中应明确载明绩效工资与绩效考核结果的挂钩关系，包括具体的挂钩方式和扣减情形。若劳动合同中有此类约定，且公司能证明员工绩效未达标，则按照合同约定扣减绩效工资通常是合法的。
   • 扣除后工资不低于最低工资标准：即使扣除绩效工资，员工的工资收入也不得低于当地最低工资标准。

2. 非法情况：

   • 缺乏制度依据或未经民主程序：若公司没有相关的绩效考核制度，或虽有制度但未经法定的民主程序制定，则随意以绩效考核为由扣绩效工资是不合法的。
   • 考核标准不合理或不明确：绩效考核标准若设定得过于苛刻、不合理，或模糊不清，使员工无法明确知道如何达到考核要求，则以此为依据扣减绩效工资是不合法的。
   • 滥用绩效考核扣工资：公司不得以绩效考核为手段进行恶意扣减或无故克扣工资，如为降低成本而故意将大部分员工评定为不达标并扣绩效工资，这种行为是违法的。
   • 劳动合同或规章制度无相关约定：若劳动合同或企业规章制度中没有明确约定绩效工资，或公司单方面从原有固定工资中拆分出一部分作为绩效工资，则无权以绩效考核为由扣除绩效工资。

因此，公司在考核扣发员工绩效时，应确保制度的合理性、公平性和透明度，并严格按照劳动合同或相关规章制度执行。员工在面对此类问题时，也应了解自身权益，通过合法途径维护自己的合法权益。如果认为公司绩效考核扣绩效工资的行为不合法，可以与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除的理由和依据；若协商不成，可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。