如果公司签的合作协议不承认劳动关系，你可以通过以下步骤来维护自己的合法权益：
全面收集并保存证据：
- 工资支付记录：保留银行工资流水明细、工资条等，这些能清晰显示工资的发放方、金额及周期，是确认劳动关系的关键证据。例如，你可以打印出近几个月的银行流水，上面明确显示了公司账户向你支付工资的记录。
- 工作证件与身份证明：如工作证、服务证、员工手册等，上面通常包含公司名称、员工姓名、职位等信息，能证明你与公司的关联。
- 考勤记录：无论是电子考勤还是纸质签到表，都能反映你的工作时间和出勤情况。比如，你可以提供手机上的考勤APP截图，或者复印纸质的签到表。
- 社保缴纳记录：公司为员工缴纳社保是法定责任，社保记录是证明劳动关系的有力证据。你可以登录社保网站，打印出自己的社保缴纳记录。
- 工作成果与相关文件：包括项目文件、工作报告、业务往来邮件、表彰决定、处罚通知等，这些材料若涉及公司业务及你的工作内容，可作为证明劳动关系的佐证。例如，你可以整理出自己参与的项目文件，或者打印出与同事、客户之间的业务往来邮件。
- 同事证言：虽然证明力相对较弱，但两名以上无利害关系的同事提供的证言也能作为辅助证据。你可以请同事出具书面证言，或者邀请他们作为证人出庭。
尝试与公司协商解决：
- 在收集了足够证据后，首先尝试与公司进行友好协商。你可以明确指出公司未签订劳动合同的违法行为，并要求其承认劳动关系，补签劳动合同，或支付相应的经济补偿。协商过程中，务必保留好沟通记录，如谈话录音、聊天记录等，以备后续使用。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，你可向当地劳动监察部门投诉。提交你收集的证据，请求其介入调查并对公司的违法行为进行处罚。劳动监察部门有权力要求公司提供相关劳动资料，并督促公司依法处理。
申请劳动仲裁：
- 若劳动监察部门的处理未能满足你的诉求，你可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁申请中，需详细陈述你的诉求、事实和理由，并提交你收集的所有证据。仲裁委员会将根据相关法律规定和证据进行裁决，确定劳动关系是否存在以及公司应承担的责任。
提起诉讼：
- 如果你对劳动仲裁结果不满意，可在规定时间内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，你需要按照法院的要求提交起诉状、证据等材料，并参加庭审。法院将根据法律规定和事实情况进行判决。若对一审判决结果仍有异议，可在上诉期内向上一级人民法院提起上诉，由上级法院进行二审审理。
注意事项：
- 在整个维权过程中，务必确保所提供的证据真实、合法、有效，并尽可能全面地反映你与公司之间的劳动关系。
- 及时关注相关法律法规的变化，以便更好地维护自己的权益。例如，了解最新的劳动法规定，确保自己的诉求符合法律要求。
- 若条件允许，可寻求我的专业帮助，以提高维权的效率和成功率。作为专业律师，我能够为你提供更具体、更专业的法律建议。
可能面临的法律后果：
- 如果公司确实存在未签订劳动合同且不承认劳动关系的违法行为，一旦证据确凿，公司将面临劳动监察部门的处罚，并可能需要支付你相应的经济补偿，如双倍工资差额、经济补偿金等。
- 若公司拒不履行仲裁裁决或法院判决，你还可申请强制执行，通过法律手段强制公司履行义务。
希望以上建议能对你有所帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。