结论：公司合同一式两份，而您本人没有持有合同，并不直接导致合同不合法。合同是否合法，主要取决于合同的内容、签订过程以及是否符合相关法律法规的规定。
分析说明：
合同的形式与合法性：
- 合同的形式可以是书面、口头或其他形式，只要双方意思表示真实、一致，且不违反法律、行政法规的强制性规定，合同即具有法律效力。一式两份的合同是常见的做法，主要是为了双方各执一份作为凭证，但并非合同生效的必要条件。
- 如果您没有持有合同，但合同已经由双方签字或盖章确认，且内容合法，那么这份合同仍然是有效的。您可以通过其他方式（如电子邮件、短信记录等）证明合同的存在和内容，或者在需要时向公司索取合同副本。
合同签订过程中的注意事项：
- 在签订合同时，应确保合同内容明确、具体，包括双方的权利义务、违约责任等条款。
- 签订合同前，应仔细阅读合同条款，确保自己理解并同意其中的内容。如有疑问或不明之处，应及时向公司或法律专业人士咨询。
- 签订合同时，应确保双方签字或盖章真实有效，避免使用伪造或无效的印章。
没有持有合同的可能后果与应对措施：
- 如果您没有持有合同，但在合同履行过程中发生争议，可能会面临举证困难的问题。因此，建议您在签订合同后，及时向公司索取合同副本，并妥善保管。
- 如果公司拒绝提供合同副本或合同内容存在争议，您可以考虑通过法律途径解决。在此过程中，您可能需要提供其他证据来证明合同的存在和内容，如交易记录、沟通记录等。
特殊场景：
- 如果合同涉及重要权益（如工资、福利待遇等），且您没有持有合同导致无法维护自己的权益，您可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司提供合同副本或确认合同内容。
行动建议：
- 与公司沟通：首先尝试与公司沟通，说明您没有持有合同的情况，并请求公司提供合同副本。
- 收集证据：如果公司拒绝提供合同副本，您应开始收集其他证据来证明合同的存在和内容，如工作记录、工资条、沟通记录等。
- 寻求法律帮助：如果争议无法解决，您可以考虑咨询专业律师或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等法律途径来维护自己的权益。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。合同的形式并非决定合同合法性的关键因素，关键在于合同的内容是否合法、双方的意思表示是否真实一致。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。