结论：审计延迟导致付款时间超过3年，起诉主张工程余款是否超过时效，需根据具体情况判断，不一定超过诉讼时效。以下从不同角度进行分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。”
在工程款纠纷中，诉讼时效通常从工程款应付而未付之日起计算，即从合同约定的付款期限届满之日或者实际应付款之日起算。
二、审计延迟对诉讼时效的影响
审计作为付款前提：
- 如果合同中明确约定，工程款的支付需以审计结果为依据，且审计过程并非由承包方（即主张工程款的一方）控制，那么审计延迟可能导致付款时间的相应顺延。
- 在此情况下，诉讼时效的起算点可能应从审计结果确定且付款条件成就之日起算，而非从合同约定的初步付款期限届满之日起算。
审计延迟的合理性：
- 如果审计延迟是由于发包方（即应付工程款的一方）的原因造成的，如发包方未及时提供审计所需资料、未积极配合审计工作等，那么这种延迟不应成为发包方逃避付款责任的借口。
- 承包方可以主张，由于发包方的过错导致审计延迟，进而导致付款时间顺延，因此诉讼时效尚未起算或应相应顺延。
诉讼时效的中断与重新计算：
- 如果在审计延迟期间，承包方曾向发包方主张过工程款，或者发包方曾承诺付款但未履行，这些行为都可能构成诉讼时效的中断。
- 诉讼时效中断后，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。因此，即使审计延迟导致付款时间超过原定的三年期限，但如果存在诉讼时效中断的情形，承包方仍然有权在中断后的诉讼时效期间内起诉主张工程余款。
三、实际操作建议
收集证据：
- 承包方应收集与审计延迟相关的所有证据，包括合同、审计通知、审计报告（如有）、与发包方的沟通记录等，以证明审计延迟的事实及其原因。
及时主张权利：
- 在审计延迟期间或审计结果确定后，承包方应及时向发包方主张工程款，并保留好主张权利的证据，如书面催款通知、邮件、短信等。
咨询专业律师：
- 由于工程款纠纷涉及复杂的法律关系和证据收集，承包方在起诉前应咨询专业律师，以评估诉讼风险并制定合适的诉讼策略。
举例说明：假设某工程合同约定，工程款在审计完成后30日内支付。由于发包方原因，审计过程延迟了2年才完成。那么，诉讼时效的起算点应从审计完成后的第31日起算，而非从合同约定的初步付款期限届满之日起算。因此，即使从合同签订之日起算已经超过了3年，但承包方仍然有权在审计完成后的3年内起诉主张工程余款。
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