结论：检察院在退回公安补充证据两次后依然补不到证据的情况下，是否还会起诉需分情况讨论，具体取决于案件事实是否清楚、证据是否确实充分以及检察院的自由裁量权。
分析：
案件事实清楚、证据确实充分：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院审查案件时，如果认为案件事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定。
- 在这种情况下，即使检察院已经两次退回公安补充证据，但只要现有证据已经足够支持起诉，检察院仍然会决定起诉。
证据不足或存在疑问：
- 如果检察院认为案件证据不足或存在疑问，无法证明犯罪嫌疑人有罪或罪行轻重，根据法律规定，检察院可以作出不起诉决定。
- 在两次退回补充证据后，如果公安仍然无法提供足够的证据来支持起诉，检察院很可能会选择不起诉。
检察院的自由裁量权：
- 检察院在审查案件时，享有一定的自由裁量权。这包括对证据的评估、对案件事实的认定以及对是否起诉的决定。
- 因此，即使案件在证据上存在一定争议或不足，检察院也可能根据具体情况和法律规定，决定是否起诉。
建议与后果：
- 对于犯罪嫌疑人：如果检察院决定起诉，犯罪嫌疑人将面临刑事审判和可能的刑罚。如果检察院决定不起诉，犯罪嫌疑人则可能避免刑事处罚，但需注意，不起诉决定并不等同于无罪，且可能留下案底或影响个人声誉。
- 对于公安与检察院的协作：在补充证据的过程中，公安与检察院应保持密切沟通，确保证据的收集、整理和提交符合法律要求。如果证据确实无法补充完整，公安应向检察院说明情况，以便检察院作出合理决定。
- 法律程序与权利保障：无论检察院最终决定起诉还是不起诉，都应确保犯罪嫌疑人的合法权益得到保障。犯罪嫌疑人有权委托律师进行辩护，了解案件进展和证据情况，并在必要时提出申诉或控告。
进一步思考：
- 在实际操作中，检察院决定是否起诉往往涉及复杂的法律判断和证据评估。因此，对于具体案件的处理，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
- 如果您或您身边的人遇到类似情况，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律分析和建议。