检察院退回公安两次补充材料认为证据不足存疑不起诉，并不意味着一定会撤案。具体分析如下：

1. 不起诉决定的含义：

   • 检察院在两次退回补充侦查后，如果仍然认为证据不足，无法排除合理怀疑，不符合起诉条件，会作出存疑不起诉决定。这意味着在现阶段，检察院不会将案件移送至法院进行审判，诉讼程序暂时终止。

2. 撤案的可能性：

   • 通常情况下，若经过两轮补充侦查后证据仍不足以支撑公诉，公安机关在收到检察院的不起诉决定通知后，会及时撤销该案件。
   • 然而，这并非绝对。如果公安机关在后续侦查中获得了新的、确凿的证据，能够证实犯罪事实，他们仍然有权重新报送案件至检察院审查。

3. 案件的其他走向：

   • 重新侦查与起诉：检察院保留起诉权。只要案件仍在起诉时效内，侦查机关找到新证据，检察机关可以重新起诉。
   • 追诉时效：即使案件因存疑不起诉而终止，但只要仍在追诉时效之内，公安机关或检察机关仍有权继续侦查和审查起诉。
   • 被害人自诉：在某些轻微刑事案件中，被害人可能选择向法院提起自诉，当事人仍可能因此再次卷入刑事诉讼程序。

4. 对当事人的影响：

   • 存疑不起诉决定意味着当事人暂时免于刑事处罚，但并不等于无罪释放。当事人仍需关注案件的后续进展，以便及时采取必要的应对措施。
   • 此外，存疑不起诉并不影响公安机关或其他行政机关对当事人进行行政处罚，也不妨碍被害人向当事人追究民事责任并提起民事诉讼。

综上所述，检察院退回公安两次补充材料并作出存疑不起诉决定后，案件是否撤案取决于后续的证据收集和司法程序。当事人及家属应保持谨慎，密切关注案件的后续发展。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。