结论：迟到扣钱与晚下班未获补偿是否合理，需结合具体法律规定、公司规章制度及劳动合同约定综合判断。以下从法律、实践、维权三个角度展开分析：

一、法律层面：迟到扣钱与加班补偿的规则差异

1. 迟到扣钱的合法性边界
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可因劳动者“造成经济损失”扣减工资，但需满足：

   • 扣款后工资不低于当地最低工资标准；
     
   • 扣款金额与损失相当（如迟到10分钟扣半天工资可能被认定为违法）；
     
   • 规章制度需经民主程序制定并公示（如未履行此程序，扣款可能无效）。
     例外：若劳动合同或集体合同明确约定“迟到扣款规则”，且不违反上述原则，则可能被认可。

2. 晚下班（加班）的补偿规则
   根据《劳动法》第四十四条，加班补偿分三种情形：

   • 工作日加班：支付不低于工资150%的加班费；
     
   • 休息日加班：优先安排补休，无法补休则支付200%工资；
     
   • 法定节假日加班：支付300%工资。
     关键点：若用人单位未支付加班费或未安排补休，则构成违法。

二、实践层面：公司“只扣不加”的常见原因

1. 规章制度设计漏洞
   部分公司通过制度将“迟到”定义为“违纪行为”（扣款），而将“晚下班”定义为“自愿加班”（无补偿），试图规避法律责任。但若能证明晚下班是公司要求（如领导口头指示、工作群通知等），则仍可能被认定为加班。

2. 举证责任分配
   劳动者主张加班补偿时，需承担初步举证责任（如考勤记录、加班通知、工作成果等）。若公司未记录考勤或拒绝提供，劳动者可依据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十二条，主张由公司承担不利后果。

三、维权建议：分步骤解决争议

1. 第一步：核查依据

   • 检查劳动合同、员工手册是否明确约定“迟到扣款”和“加班规则”；
     
   • 确认公司是否通过民主程序（如职工代表大会）制定规章制度并公示。

2. 第二步：收集证据

   • 保留考勤记录（如打卡截图、门禁记录）、加班通知（如微信聊天记录、邮件）、工作成果（如报表、方案）等；
     
   • 记录同事证言（如多人同时加班可互相佐证）。

3. 第三步：协商或投诉

   • 优先与公司协商，明确要求支付加班费或补休；
     
   • 若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（时效2年），或申请劳动仲裁（时效1年）。

温馨提示：若公司存在“只扣不加”的普遍现象，可能涉及系统性违法，建议联合其他同事共同维权，以降低个体维权成本。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。