脱密管理不能直接申请保密部门管理，脱密期管理主要由用人单位负责，但涉及国家秘密的岗位需遵循特定保密规定。以下从不同角度展开分析：
脱密期管理的主体与职责
根据《劳动合同法》及《保守国家秘密法》相关规定，脱密期管理是用人单位对掌握商业秘密或国家秘密的劳动者，在劳动合同解除或终止前，通过调整工作岗位、变更劳动合同内容等方式，限制其接触核心秘密的制度。管理主体是用人单位，而非保密行政管理部门。用人单位需制定脱密期制度，明确期限（通常不超过6个月）、岗位调整方式及保密义务，并书面告知劳动者。
保密部门的角色与边界
保密行政管理部门（如国家保密局、地方保密工作部门）的职责是制定保密政策、监督保密制度实施、查处泄密行为，不直接参与用人单位的内部脱密期管理。但若用人单位涉及国家秘密的岗位，需在保密部门指导下建立保密体系，劳动者在脱密期内仍需遵守《保守国家秘密法》规定的义务（如限制就业范围、定期汇报等），此时保密部门可能通过检查、指导等方式间接参与管理。
劳动纠纷中的脱密期争议处理
若劳动者与用人单位因脱密期管理产生纠纷（如用人单位单方面延长脱密期、未支付脱密期工资等），应通过劳动仲裁或诉讼解决，而非申请保密部门直接管理。仲裁机构或法院会审查脱密期制度的合法性（如是否经民主程序制定、是否与劳动者协商一致）、期限合理性及用人单位是否履行告知义务等，作出裁决。
特殊情形：国家秘密岗位的脱密期管理
根据《保守国家秘密法》第三十八条，涉密人员离职前，原单位应与其签订保密承诺书，明确脱密期管理要求，并报主管单位备案（非直接申请保密部门管理）。脱密期内，劳动者需遵守限制就业规定（如不得到境外驻华机构、外商独资企业工作），原单位需按约定支付补偿。若劳动者违反保密义务，保密部门可依法查处，但管理主体仍是用人单位。
建议：若您与单位因脱密期管理产生纠纷，可先核查单位制度是否合法、脱密期约定是否明确，并收集工资支付、岗位调整等证据。如需进一步维权，可直接向我咨询，我将结合具体案情分析仲裁或诉讼策略。