公司因为超员降低工资系数，这一行为是否违法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或公司规章制度中有明确约定：

   • 如果劳动合同中明确规定了工资系数与岗位、工作量或公司人员配置等具体因素挂钩，且公司因超员（即人员配置超出约定或常规标准）而按照合同约定降低工资系数，这一行为在合同框架内可能是合法的。但前提是，该合同条款必须合法、合理，且公司降低工资系数的决定需经过合法程序（如与员工协商、通知工会等）。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。若合同条款合法且双方已协商一致，公司有权按照约定调整工资系数。

2. 若劳动合同或公司规章制度中无明确约定：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中并未明确规定工资系数与超员等具体因素挂钩，公司单方面因超员而降低工资系数，则可能构成违法。因为这一行为可能违反了劳动合同的约定，侵犯了员工的劳动权益。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。若公司未与员工协商一致，单方面降低工资系数，则违反了该条款。
   • 额外考虑：即使公司因经营困难等原因需要调整工资，也应遵循法定程序，如与工会或职工代表协商，制定调整方案，并报劳动行政部门备案等。未经合法程序擅自降低工资，同样可能构成违法。

3. 特殊情况下的合法性：

   • 在某些特殊情况下，如公司面临严重经营困难、破产重整等，且已按照法定程序进行了相关申报和审批，公司可能在一定程度上有权调整工资结构或降低工资水平。但这种情况下的调整也需遵循法定程序和限制条件。

建议：

• 对于员工：如果公司因超员而降低了你的工资系数，且你认为这一行为违法或不合理，你可以首先与公司进行协商，要求公司恢复原工资系数或给予合理补偿。如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 对于公司：在调整工资系数或工资结构时，务必确保合同条款的合法性和合理性，并遵循法定程序进行协商和通知。避免因单方面调整而引发劳动纠纷和法律风险。

总结：公司因超员降低工资系数是否违法，取决于劳动合同或公司规章制度中的约定以及公司调整工资系数的程序是否合法。如有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。