当用人单位的部门撤销时，员工的处理方式主要取决于用人单位的具体安排以及双方的协商结果。以下是一些可能的处理方式及相应的法律建议：

1. 协商变更劳动合同

   • 工作岗位调整：用人单位可以与员工协商，将员工调至其他合适的岗位。这种调岗应当具有合理性，包括工作内容相近、薪酬待遇不降低、工作地点变化合理等。如果工作地点变更大幅增加了员工的通勤成本，那么需要与员工协商一致。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以协商变更劳动合同内容。这意味着，只要双方达成一致，就可以对劳动合同中的工作岗位、工作地点、薪酬待遇等条款进行修改。

2. 协商解除劳动合同及经济补偿

   • 法律依据：如果部门撤销导致劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使合同无法履行，且双方未能就变更劳动合同内容达成协议，那么用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付一个月工资后解除劳动合同。这是《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第三项的规定。
   • 经济补偿标准：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。如果劳动者月工资高于当地职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按职工月平均工资三倍的数额支付，但最高不超过十二年。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
   • 支付时限：用人单位应在与员工协商解除劳动合同或员工离职时及时支付经济补偿金。
   • 实施步骤：公司应与员工进行沟通，协商解除劳动合同的相关事宜，包括经济补偿、工作交接等，并签订解除劳动合同的协议，明确经济补偿的金额和支付方式。

3. 员工权益保障与应对措施

   • 了解自身权益：员工应清楚自己享有的权利，如经济补偿权利、协商变更劳动合同的权利等。可以通过查阅相关法律法规或向我咨询来了解这些权益。
   • 与用人单位协商：积极与用人单位沟通协商，表达自己的想法和需求，并保留相关证据，如会议记录、聊天记录、邮件等。这些证据在后续可能发生的劳动争议中可能会起到关键作用。
   • 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果无法达成一致意见，且用人单位存在违法行为，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不满意的可向人民法院提起诉讼。在申请仲裁或提起诉讼前，应准备好充分证据支持自己的诉求。

4. 其他安置方式与注意事项

   • 协助就业：企业可以协助职工寻找新的就业机会，提供职业培训、职业介绍等服务。这有助于员工尽快找到新的工作，减少失业带来的损失。
   • 其他安置方式：如提供临时性生活救助、开展创业帮扶等。这些方式可以根据企业的实际情况和员工的需要来确定。
   • 注意事项：确保辞退员工的程序合法性，需提前30日书面通知或支付代通知金，并通知工会。经济补偿金在当地职工平均工资3倍以内的部分免税，超出部分需按个人所得税规定缴纳。如果对补偿金额有异议，可以通过法律途径解决争议。

总结来说，当用人单位的部门撤销时，员工应首先了解自己的权益和可能的处理方式，然后与用人单位进行积极协商。如果协商无果或用人单位存在违法行为，员工可以通过申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。在整个过程中，员工应保留好相关证据，以便在需要时提供证明。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。