您好，关于您提出的“学校会查毕业生就业协议公章的有效性吗”这一问题，我可以给您一个详细且深入的解答。

首先，学校确实会对毕业生就业协议中的公章有效性进行核查。这是因为教育部高度重视高校毕业生就业数据的真实性和准确性，专门下发了相关通知，并派出工作组赴各省开展专项核查，严查就业数据弄虚作假。这一举措旨在维护高校毕业生的就业合法权益，确保就业数据的真实可靠。

在核查过程中，教育部工作组会深入高校、院系，通过检查就业数据自查清单、核对自查报告、抽查相关就业佐证材料等方式，对高校规范开展毕业去向登记监测、严防就业数据弄虚作假等情况进行针对性核查。这其中就包括了对就业协议公章有效性的核查。如果发现存在虚假签约、虚假证明等违规行为，教育部会责成有关部门依规依纪严肃处理，并追究相关高校和人员的责任。

此外，学校自身也会严格执行就业工作“四不准”“三不得”规定，其中就包括不准以户档托管为由劝说毕业生签订虚假就业协议，以及严守就业数据真实准确底线，严格审核每位毕业生的就业材料。这些规定都体现了学校对就业协议公章有效性的重视和核查的必要性。

因此，我可以明确地告诉您，学校确实会对毕业生就业协议中的公章有效性进行核查，以确保就业数据的真实性和准确性。这也是为了维护您的就业合法权益，让您能够在一个公平、公正的环境中就业。希望这个解答能够让您满意，如果您还有其他问题或疑虑，欢迎随时向我提问。