您好，关于毕业生就业协议上盖的发票章是否有效的问题，这主要取决于用人单位的公章使用规定以及就业协议的具体要求。

首先，我们需要明确的是，就业协议通常需要加盖用人单位的公章或人事部门的公章，以证明协议的真实性和有效性。公章是单位对外行使权力、承担责任的重要标志，具有法律效力。

而发票章，主要是用于发票的开具和认证，它证明了发票的合法性和真实性，但并不直接代表用人单位的意志或承诺。在就业协议的签订过程中，发票章并不具备公章那样的法律效力和认可度。

因此，如果就业协议上只盖了发票章，而没有加盖用人单位的公章或人事部门的公章，那么这份协议在法律效力上可能会存在瑕疵。用人单位或相关机构在审核时，可能会因为公章的不符合要求而拒绝认可这份协议。

为了避免这种情况的发生，我建议您在签订就业协议时，务必与用人单位确认好需要加盖的公章类型，并确保协议上加盖的是正确的公章。如果用人单位在协议上加盖了发票章，您可以及时与用人单位沟通，要求重新加盖公章或人事部门的公章，以确保协议的法律效力和认可度。

希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。