关于您提出的“协议上盖发票章是否有效”的问题，这确实是一个涉及合同效力和印章使用规范的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确发票章和合同章的基本用途和区别。发票章，顾名思义，主要是用于开具发票时加盖的，它证明了发票的合法性和真实性。而合同章，则是专门用于签订合同时加盖的，它代表了合同双方对合同内容的认可和承诺。
接下来，我们分析协议上盖发票章的法律效力。从法律角度来看，合同的有效性主要取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实以及是否符合法律规定的合同形式要求。印章作为合同形式的一部分，其作用主要是证明合同的签署和认可。然而，发票章并非专门用于签订合同的印章，因此，在协议上加盖发票章，并不直接等同于合同章的法律效力。
在实际操作中，如果协议上加盖了发票章，但双方对协议内容并无异议，且协议内容合法、双方意思表示真实，那么该协议仍然可能被视为有效。但是，这种有效性可能会受到一定挑战，特别是在发生纠纷时，对方可能会以印章使用不当为由质疑合同的效力。
为了避免潜在的纠纷和风险，我建议您在签订协议时使用专门的合同章或公章。这样不仅可以确保合同的法律效力，还可以减少因印章使用不当而引发的纠纷。
最后，如果协议已经加盖了发票章，且您希望确保其法律效力，我建议您采取以下措施：
综上所述，虽然协议上加盖发票章并不直接等同于合同章的法律效力，但在特定情况下，该协议仍然可能被视为有效。然而，为了避免潜在的纠纷和风险，我建议您在签订协议时使用专门的合同章或公章。