关于您提出的“协议盖发票专用章是否有效”的问题，这确实是一个涉及合同效力和印章使用规定的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，发票专用章主要是用于企业、单位和个体工商业户在购买和开具发票时加盖的，它有其特定的使用范围和规定。根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，发票专用章是专门用于发票的，并不直接等同于合同章或公章。

接下来，我们分析合同盖章的法律效力。在合同订立过程中，盖章是合同当事人经过协商确定权利义务内容后，在合同书上加盖印章的行为。这一行为不仅影响合同的成立，还直接影响合同的效力。一般来说，合同专用章或公章是合同订立中常用的印章，它们具有广泛的认可度和法律效力。

然而，对于发票专用章在合同上的使用，情况就相对复杂一些。如果合同仅仅涉及财务方面的问题，如欠款金额、对账单等，且双方对此无异议，那么在这种情况下加盖财务章（包括发票专用章，如果它被视为财务章的一种）可能是被接受的。但需要注意的是，这并不意味着发票专用章可以完全替代合同章或公章在所有合同订立中的使用。

更重要的是，如果合同内容超出了财务范畴，涉及更广泛的权利义务关系，那么单独加盖发票专用章可能不足以证明合同的有效性和双方的真实意思表示。在这种情况下，如果合同未经公司追认或存在其他影响合同效力的因素，合同可能会被视为无效或存在效力待定的情况。

因此，我的建议是：在签订合同时，为了确保合同的有效性和双方的权益，最好使用合同专用章或公章进行盖章。如果确实需要使用发票专用章，并且合同内容仅涉及财务方面的问题，那么双方应该明确约定并在合同中注明，同时确保该使用符合相关法律法规和公司内部规定。

最后，我想强调的是，公司在管理运营中应该加强对印章的管理，明确各种印章的使用范围和规定，以降低印章使用风险并避免不必要的法律纠纷。如果您在印章使用或合同订立过程中遇到任何问题或疑虑，建议及时咨询专业法律人士以获取更具体的指导和建议。