合作协议盖合同章在大多数情况下是有效的，但特殊情况下可能无效，需结合具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同章有效的情形
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。此处的“盖章”并未限定为公章，合同章同样涵盖在内，具备法律效力。合同章作为企业专门用于签订合同的印章，其使用代表了企业对合同内容的认可和受合同约束的意愿。
有效性条件：
- 合同章需真实且合法：合同章必须是真实存在的，且未被伪造或变造。同时，合同章的使用需符合企业的相关规定和程序。
- 盖章行为需经过授权：加盖合同章的行为需经过单位法定代表人或其他有权人员的授权或认可。例如，企业员工在代表企业签订合同时，需获得企业的明确授权。
- 合同内容需合法有效：合同内容需不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗。例如，合同不得约定非法交易或侵犯他人权益的内容。
常见示例：
- 在商业合作中，双方公司在合作协议上加盖各自的合同章，且协议内容合法、意思表示真实，则该协议依法成立并生效，双方应依约履行各自义务。
二、合同章可能无效的情形
合同章伪造：
- 如果一方使用伪造的合同章签订协议，该行为本身是违法的，且不能代表真实的意思表示。因此，该协议对被伪造方不具有法律效力。例如，甲公司员工私自伪造公司合同章与乙公司签订合同，甲公司事后不予认可，则该协议对甲公司无效。
超越权限盖章：
- 如果盖章的主体没有获得相应的授权，如公司某个部门私自加盖公司合同章签订超出其权限范围的协议，或代理人超越代理权限使用被代理人的合同章签订协议，且事后未得到追认，则该协议可能无效。例如，公司销售部门负责人在未经授权的情况下使用公司合同章签订高额采购协议，公司高层拒绝追认，则该协议可能被认定为无效。
协议内容违法：
- 即使协议加盖了合同章，但如果协议内容违反了法律法规的强制性规定或违背了公序良俗，该协议仍然是无效的。例如，甲乙双方签订协议约定以非法手段获取竞争对手的商业秘密并进行共享，尽管加盖了合同章，但由于内容违法，该协议无效。
三、建议与注意事项
确保合同章的真实性和合法性：在签订合作协议时，应仔细核对合同章的真实性和合法性，避免使用伪造或变造的合同章。
确认盖章行为的授权性：在加盖合同章前，应确认盖章行为是否获得了单位法定代表人或其他有权人员的授权或认可。
审查合同内容的合法性：在签订合作协议前，应仔细审查合同内容，确保合同内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗。
建议同时具备签字和盖章环节：为确保合同效力的无争议性，建议在签订合作协议时同时具备签字和盖章环节，尤其是涉及重大权益的合同。
如果您在合作协议签订过程中遇到任何疑问或复杂情况，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律意见和指导。