结论前置：当劳动者的经济补偿金高于月平均工资三倍时，其计算将遵循《中华人民共和国劳动合同法》中的特殊规定，即按照当地上年度职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
一、法律依据与适用范围
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，对于月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，其经济补偿金的计算有明确的特殊规定。这一规定旨在平衡用人单位与劳动者之间的利益关系，确保经济补偿金的合理性和公平性，适用于所有符合上述条件的劳动者。
二、经济补偿金的计算基数与年限
计算基数：这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果劳动者的月工资高于当地上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿金的计算基数将按照职工月平均工资三倍的数额来支付。例如，若某地区上年度职工月平均工资为5000元，则三倍为15000元，作为计算经济补偿的月工资上限。
支付年限：对于工资高于社平工资三倍的劳动者，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这意味着，无论劳动者在用人单位工作了多少年，其经济补偿金的支付年限都不会超过十二年。
三、具体计算公式与示例
经济补偿金的具体计算方式为：经济补偿金 = 当地上年度职工月平均工资 × 3 × 补偿年限（不超过12年）。
示例：
四、特殊情形说明
协商一致解除：如果用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同，双方可以约定高于法定标准的经济补偿金，但不得低于法定最低要求。然而，在月工资高于社平工资三倍的情况下，即使协商一致，经济补偿金的计算仍需遵循上述特殊规定。
违法解除：如果用人单位违法解除劳动合同，需要按照经济补偿标准的两倍支付赔偿金（即“2N”原则）。但在此情况下，如果劳动者的月工资高于社平工资三倍，赔偿金的计算同样受到上述特殊规定的限制。
五、注意事项
地区差异：各地职工月平均工资标准不同，因此经济补偿金的计算也会因地区而异。劳动者和用人单位需要准确确定当地上年度职工月平均工资，并据此计算经济补偿金。
证据留存：为了确保经济补偿金的准确计算，劳动者应保留好工资条、银行流水等证据，以证明自己在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
法律时效：劳动争议申请仲裁的时效为一年。如果劳动者对经济补偿金的计算有异议，应及时通过合法途径解决争议，以免超过时效期限。
六、总结与建议
对于经济补偿金高于月平均工资三倍的劳动者，其经济补偿金的计算受到严格的法律规定限制。这既体现了对劳动者权益的保障，也考虑了用人单位的承受能力。在实际操作中，劳动者和用人单位应准确理解并遵循相关法律规定，确保经济补偿金的合理计算和支付。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。