当劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍时，其经济补偿的计算确实会受到一些特殊规定的限制。下面我将为您详细解释这一计算过程：
一、法律依据
这一计算方式主要依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条以及《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条的相关规定。这些法律条款明确规定了经济补偿的计算标准，并特别指出了月工资高于当地职工月平均工资三倍时的特殊情形。
二、经济补偿的计算基数
月工资定义：这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果劳动者工作不满十二个月，则按照实际工作的月数来计算平均工资。
三倍月平均工资上限：如果劳动者的月工资高于当地职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按照当地职工月平均工资的三倍数额来计算，而不是按照劳动者的实际月工资。
三、经济补偿的支付年限
对于月工资高于当地职工月平均工资三倍的劳动者，支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这意味着，无论劳动者在用人单位工作了多少年，其经济补偿的年限都不会超过十二年。
四、具体计算公式
经济补偿金的具体计算方式为：经济补偿金 = 工作年限（最高不超过12年） × 当地上年度职工月平均工资 × 3。
五、示例说明
假设某地区上年度职工月平均工资为5000元，某劳动者在该地区工作了15年，且其月工资高于15000元（即当地职工月平均工资的三倍）。根据法律规定，该劳动者的经济补偿金应按照以下方式计算：
六、注意事项
不影响其他权益：这一规定仅适用于经济补偿金的计算，并不影响劳动者其他合法权益的享有，如社会保险、福利待遇等。
准确确定数据：在实际计算过程中，劳动者和用人单位需要准确确定当地上年度职工月平均工资，并据此计算经济补偿金。如果数据不准确，可能会导致经济补偿金的计算错误。
争议解决途径：如果劳动者对经济补偿金的计算有异议，可以通过协商、仲裁或诉讼等合法途径解决争议。在解决争议的过程中，劳动者可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。
综上所述，当劳动者的月工资高于当地职工月平均工资的三倍时，其经济补偿的计算会受到特殊规定的限制。希望以上解释能够帮助您更好地理解这一计算过程。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。