当劳动者月工资高于当地职工月平均工资的三倍时，经济补偿金的计算标准主要遵循《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。以下是对此问题的详细解答：
一、计算标准
根据《劳动合同法》第四十七条的规定，劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿金的标准按职工月平均工资三倍的数额支付。这意味着，无论劳动者的实际工资有多高，只要超过了当地职工月平均工资的三倍，其经济补偿金都将以这一标准来计算。
二、支付年限
同时，《劳动合同法》还规定，向劳动者支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这意味着，即使劳动者在某一单位工作了超过十二年的时间，其经济补偿金的支付年限也只会按照十二年来计算。
三、具体计算方式
确定月平均工资：首先，需要确定劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
比较与当地月平均工资：接着，将这个平均工资与当地上年度职工月平均工资进行比较。如果劳动者的平均工资超过了当地月平均工资的三倍，那么就将按照三倍的标准来计算经济补偿金。
计算支付年限：根据劳动者在本单位的工作年限，确定经济补偿金的支付年限。每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。但最高支付年限不超过十二年。
计算经济补偿金：最后，将确定的月平均工资（或当地月平均工资的三倍）与支付年限相乘，即可得出经济补偿金的总额。
综上所述，当劳动者月工资高于当地职工月平均工资的三倍时，其经济补偿金的计算标准将按照当地职工月平均工资的三倍来支付，且支付年限最高不超过十二年。这一规定旨在平衡用人单位与劳动者之间的利益关系，既避免了过高补偿给用人单位带来过重负担，也保障了劳动者的基本权益。