关于部门单独制定考勤制度是否合规的问题，这主要取决于该考勤制度的制定、发布及实施过程是否符合相关法律法规及企业内部规章制度的要求。以下是对此问题的详细分析：

首先，从法律层面来看，劳动规章制度的主体应当是用人单位，而非某个部门或个人。这意味着，即便某个部门负责起草考勤制度，该制度最终也应以企业的名义进行发布和公示，以确保其法律效力和对全体员工的约束力。如果部门单独制定并实施考勤制度，而未经过企业层面的正式发布和公示，那么该制度在法律上可能存在效力风险。

其次，考勤制度的内容必须合法，不得与《劳动合同法》、《劳动法》等相关法律法规相违背。例如，考勤制度中不得设定不合理的加班要求、不得侵犯员工的休息权等。如果部门制定的考勤制度存在违法内容，那么该制度不仅无效，还可能引发劳动争议和法律风险。

再者，考勤制度的制定过程应经过民主程序。这通常意味着需要全体员工或职工代表进行讨论，并由单位与工会或职工协商确定规章制度的文本。如果部门单独制定考勤制度而未经过这一民主程序，那么该制度可能因缺乏民主基础而难以得到员工的认可和执行。

此外，考勤制度应向全体员工进行公示。这是确保制度得以执行的重要保证。如果部门制定的考勤制度未向员工进行公示，那么该制度对员工是不具备约束力的。

最后，还需要注意的是，考勤制度的内容应与劳动合同或集体合同的约定保持一致。如果部门制定的考勤制度与劳动合同或集体合同的内容存在冲突，那么劳动合同或集体合同具有优先适用性。

综上所述，部门单独制定考勤制度在法律上存在效力风险，且可能因缺乏民主基础、未公示或与劳动合同/集体合同冲突等原因而难以得到员工的认可和执行。因此，建议企业在制定考勤制度时，应由用人单位（即企业整体）进行主导，经过民主程序制定，并向全体员工进行公示，以确保其合法性和有效性。