公司实行综合计算工时制在符合法律规定的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细解析：
一、综合计算工时制的合法性及定义
综合计算工时工作制是一种特殊的工时制度，它允许企业因生产特点或工作性质的特殊性，在一段时间内连续作业，并以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间。根据《中华人民共和国劳动法》及相关法规，对于因生产特点不能实行标准工时制度的行业或岗位，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等需连续作业的职工，以及地质勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业部分职工，可以实行综合计算工时工作制。
二、实行综合计算工时制的条件
实体条件：
- 企业必须属于特定的行业或具有特殊的工作性质，如上述提到的需连续作业或受季节和自然条件限制的行业。
程序条件：
- 企业实行综合计算工时工作制前，必须报经当地区县级以上劳动保障行政部门批准。申请时需提交包括企业基本情况、实行综合计算工时工作制的工种及人员范围、工作和休息安排等内容的材料。未经审批擅自实行的，将视为违法行为。
三、综合计算工时制下的权益保障
工作时间限制：
- 在综合计算周期内，员工的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，即每日不超过8小时，每周不超过40小时（部分地区可能略有差异，但总体原则一致）。
- 综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。若需延长工作时间，应确保延长的小时数平均每月不得超过36小时，并需与工会和职工协商同意。
加班费支付：
- 若在某具体日（或周）的实际工作时间超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间未超过总法定标准工作时间，则不需支付加班费。
- 若超过总法定标准工作时间，应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资；法定休假日安排劳动者工作的，则需按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
休息休假权利：
- 企业应采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
四、违法行为的法律责任
若企业未经审批擅自实行综合工时制，或在实行过程中违反工作时间限制、不依法支付加班费等规定，将面临法律风险和被处罚的可能。劳动者在合法权益受到侵害时，应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
五、实际案例与操作建议
- 实际案例：某建筑公司因项目需要，需连续作业，故向劳动保障行政部门申请实行综合计算工时制，并获得了批准。在项目执行期间，公司合理安排了员工的工作和休息时间，确保了员工的身体健康和工作生活平衡。同时，公司也依法支付了加班费，维护了员工的合法权益。
- 操作建议：企业在申请实行综合计算工时制时，应充分了解相关法规和政策，确保申请材料的真实性和完整性。在实行过程中，企业应严格遵守工作时间限制和加班费支付规定，合理安排员工的工作和休息时间。同时，企业也应加强与员工的沟通和协商，确保员工的权益得到充分保障。
综上所述，公司实行综合计算工时制在符合法律规定的情况下是合法的，且有助于适应特定行业的工作特性。然而，企业在实行过程中必须严格遵守相关法规和规定，确保员工的权益得到充分保障。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。