针对员工损害公司利益的情况，选择仲裁还是起诉，需根据具体情形和法律规定来综合考虑，以下分情况说明：
基于劳动关系产生的争议
- 适用情形：若员工给公司造成的损失是基于劳动关系，且符合劳动仲裁受案范围（如劳动合同履行过程中的赔偿责任，包括员工严重失职、违反公司规章制度等行为给公司造成经济损失的情形），通常应先申请劳动仲裁。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因履行劳动合同发生的争议属于劳动仲裁的受案范围。
- 仲裁程序：
- 时效期间：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 申请流程：公司需提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。仲裁委员会收到申请后五日内决定是否受理，并通知申请人。
- 裁决期限：仲裁庭裁决劳动争议案件，应自受理仲裁申请之日起四十五日内结束；案情复杂可延期，但延长期限不得超过十五日。
- 后续处理：如一方对仲裁裁决不服，可在法定期限内向人民法院提起诉讼。
非劳动关系或特殊情形
- 适用情形：若损失赔偿纠纷不属于劳动争议范畴（如员工以个人名义与公司签订商业合同导致的损失，或者员工行为虽发生在工作期间但与劳动合同履行无直接关联），公司可直接向人民法院提起民事诉讼。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条和第一千一百六十五条，分别规定了违约责任和侵权责任，适用于非劳动关系下的损失赔偿纠纷。
- 诉讼程序：
- 起诉与受理：公司向有管辖权的人民法院提交起诉状和相关证据材料，法院按照法定程序进行审理。
- 审理过程：包括立案、送达、开庭审理等环节。
- 审限规定：一审普通程序的审限一般为六个月，特殊情况可延长。
- 执行效力：法院判决具有法律效力，双方应当履行判决所确定的义务。
综合考虑因素
- 争议性质和金额：小额简单争议适合仲裁，因其程序相对简便快捷；大额复杂争议可能更适合诉讼，因其能提供更全面的审理和救济途径。
- 时间和成本：仲裁相对诉讼而言，通常耗时较短且成本较低；诉讼则可能耗时较长且成本较高，尤其是涉及复杂证据和法律问题的案件。
- 证据情况：双方证据是否充分，以及证据的收集难度和可信度，也是选择仲裁或诉讼时需要考虑的重要因素。
结论与建议：
- 对于员工损害公司利益的情况，建议公司先尝试通过内部纪律措施或协商解决，以维护良好的劳动关系和企业文化。
- 若无法达成一致，公司应根据争议的性质、金额、时间和成本等因素综合考虑选择仲裁或诉讼。
- 在实践中，若争议涉及劳动合同履行过程中的赔偿责任等劳动争议范畴，通常建议先申请劳动仲裁；对劳动仲裁裁决不服的，再向人民法院提起诉讼。
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