结论：在特定条件下可以办理工商登记，但需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司章程无特殊限制且纠纷不影响股权转让效力
   根据《公司法》第71条，股东之间转让股权无需其他股东同意，仅需签订书面转让协议并修改公司章程、股东名册。即使法人（通常指法定代表人，此处可能指公司本身或法定代表人个人）被起诉，只要纠纷不涉及股权权属争议或转让程序违法，小股东与大股东可正常办理工商变更登记。
   操作步骤：

   • 签订股权转让协议（明确价款、支付方式、违约责任等）；
     
   • 修改公司章程（需全体股东签字或盖章）；
     
   • 召开股东会确认转让事项（若章程要求）；
     
   • 向市场监管部门提交变更登记申请（附协议、章程修正案、股东会决议等材料）。

2. 若纠纷涉及股权权属争议或转让程序违法

   • 情形1：法人被起诉的纠纷直接影响股权归属
     例如，法人（公司）被起诉要求撤销股东资格，或法定代表人个人被起诉涉及股权代持纠纷，此时股权权属处于不稳定状态，市场监管部门可能暂缓办理变更登记，要求先通过诉讼或仲裁确认权属。
     
   • 情形2：转让程序违反法律或章程
     如未通知其他股东行使优先购买权（若向股东以外的人转让）、未履行内部审批程序（如国企股权转让需国资委批准），可能导致转让无效，工商部门不予登记。
     应对建议：
     
   • 优先通过诉讼或仲裁确认股权权属；
     
   • 补全法定程序（如通知其他股东、获得必要批准）。

3. 若法人被起诉导致公司经营异常
   根据《市场主体登记管理条例》第12条，公司被列入经营异常名录（如未公示年报、住所失联）或严重违法失信名单，可能被限制办理变更登记。此时需先解除异常状态（如补报年报、变更住所），再申请股权变更。

风险提示：

• 工商登记仅具有对外公示效力，不直接决定股权转让的内部效力。若转让协议存在欺诈、胁迫等情形，即使完成登记，受让方仍可能面临法律风险；
  
• 建议在转让协议中明确约定纠纷处理条款（如“若因法人被起诉导致登记受阻，转让方需承担违约责任”），并留存付款凭证、沟通记录等证据。

如有进一步疑问（如协议起草、程序细节），可直接向我咨询。