结论前置：在公司存在经济纠纷的情况下，小股东仍然有权将其股权转让给大股东，但这一行为需严格遵守相关法律法规，并考虑公司章程、合同协议中的特定限制，以及纠纷对股权价值和合法性的影响。
一、股权转让的基本权利
股权是股东对公司享有的人身和财产权益的综合性权利。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东有权依法转让其持有的股权。公司存在经济纠纷，并不直接剥夺股东的这一基本权利。因此，从法律层面讲，小股东有权将其股权转让给大股东。
二、特殊限制情况分析
法律或司法限制：
- 如果经济纠纷已经进入司法程序，且人民法院依法对涉案股东的股权采取了冻结等保全措施，那么在冻结期间，股东不能自由转让被冻结的股权。这是为了保障未来判决的执行，确保债权人的权益不受损害。如果小股东的股权未被冻结，则不受此限制。
公司章程限制：
- 公司章程作为公司的“宪法”，可以对股权转让作出特别规定。如果公司章程中明确约定在公司存在特定类型或一定金额以上的经济纠纷时，股东不得转让股权，那么小股东必须遵守该规定。违反章程规定的转让行为可能被认定为无效。因此，在转让前，小股东应仔细审查公司章程，确保转让行为符合章程规定。
合同协议限制：
- 如果小股东与大股东或其他股东之间存在特定的合同协议，且该协议对股权转让有特别约定（如转让条件、转让程序等），那么小股东在转让股权时也应遵守这些约定。违反合同协议的转让行为可能构成违约，需要承担相应的法律责任。
三、股权转让前的必要准备与注意事项
全面披露与尽职调查：
- 小股东在转让股权前，应全面披露公司的经济状况及潜在的纠纷风险，以避免后续产生不必要的法律争议。同时，大股东作为受让方，也应对目标公司进行充分的尽职调查，以准确评估投资风险和股权的实际价值。
遵循法律法规与程序：
- 在股权转让过程中，双方必须严格遵守《公司法》及相关法律法规的规定，完成必要的审批、登记等手续。特别是当纠纷可能影响股权价值或转让的合法性时，更应谨慎处理，确保交易的合法性和有效性。
考虑纠纷对股权价值的影响：
- 经济纠纷可能影响股权的价值和公司的未来发展。因此，在转让股权时，双方应充分考虑纠纷对股权价值的影响，并协商确定合理的转让价格。如果纠纷可能导致公司破产或清算，那么股权的价值可能会大幅降低甚至归零。
四、实际操作建议
咨询专业意见：
- 在涉及复杂经济纠纷或股权转让受到特殊限制的情况下，建议双方咨询专业律师的意见和帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
签订书面转让协议：
- 为了确保交易的合法性和有效性，双方应签订书面的股权转让协议，并明确约定转让条件、转让价格、支付方式、违约责任等条款。这有助于减少后续的法律争议和风险。
办理相关手续：
- 根据《公司法》及相关法律法规的规定，股权转让需要办理相关的审批、登记等手续。双方应按照规定及时办理这些手续，以确保交易的合法性和有效性。
总结与建议：虽然公司存在经济纠纷不直接阻碍小股东将股权转让给大股东，但在实际操作中，双方需充分考虑纠纷对股权转让的影响，并严格遵守相关法律法规和公司章程的规定。为确保交易的顺利进行，建议双方在股权转让前进行全面的尽职调查和风险评估，并咨询专业律师的意见。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。