公司有经济纠纷时，股东是可以进行变更的，但这一变更行为需谨慎处理，并需考虑多方面因素。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律层面
股东变更的合法性：
- 根据《公司法》的相关规定，股东有权依法转让其股权。这意味着，即使公司存在经济纠纷，股东仍然有权进行股权转让，从而变更股东身份。但需要注意的是，股权转让需遵循法定程序，如签订股权转让协议、办理工商变更登记等。
经济纠纷对股东变更的影响：
- 经济纠纷本身并不直接阻止股东变更。然而，如果经济纠纷涉及股东个人责任，如股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务，严重损害公司债权人利益的，那么该股东在转让股权时可能会受到一定限制，甚至可能需要承担连带责任。
- 另外，如果经济纠纷导致公司财产被查封、冻结或扣押，那么在进行股东变更时，需确保这些财产不受影响，否则可能会引发新的法律问题。
二、实际操作层面
股权转让协议的签订：
- 在进行股东变更时，需签订详细的股权转让协议，明确双方的权利义务、转让价格、支付方式、违约责任等条款。这有助于保护双方的合法权益，避免后续纠纷。
工商变更登记的办理：
- 股权转让完成后，需及时到工商行政管理部门办理变更登记手续，将新的股东信息录入公司登记档案。这是股东变更的法定程序，也是确保股东权益得到法律保护的重要步骤。
经济纠纷的妥善处理：
- 在进行股东变更的同时，公司应积极处理经济纠纷，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。这有助于维护公司的稳定运营和良好形象，也有助于保护新股东的合法权益。
三、风险防范建议
尽职调查：
- 在进行股权转让前，新股东应对公司进行全面的尽职调查，了解公司的财务状况、经营情况、法律纠纷等事项。这有助于新股东评估投资风险，做出明智的决策。
法律咨询：
- 在进行股东变更过程中，建议咨询专业律师的意见，确保股权转让的合法性和有效性。律师可以提供法律建议、起草法律文件、协助办理工商变更登记等法律服务。
合同条款的审慎设计：
- 在签订股权转让协议时，应审慎设计合同条款，明确双方的权利义务和违约责任。特别是要关注经济纠纷的处理方式、股权转让款的支付方式、股权转让后的公司治理结构等事项。
总结来说，公司有经济纠纷时股东可以进行变更，但需谨慎处理并考虑多方面因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。