在股权纠纷中，大股东是否申请工商登记变更，需视具体情况而定，但通常建议大股东在符合条件时及时申请工商登记变更。以下从不同角度进行分析：

一、法律背景与规定

1. 工商登记的法律效力：

   • 根据《公司法》及相关规定，公司股权的变更应当依法进行工商登记，以产生对抗第三人的法律效力。工商登记是股权变更的公示方式，对于保护交易安全、维护市场秩序具有重要意义。

2. 股权纠纷中的工商登记变更：

   • 在股权纠纷中，如果大股东通过合法途径（如股权转让、增资扩股等）取得了其他股东的股权，或者法院判决确认了大股东的股权比例，那么大股东有权要求公司进行工商登记变更，以反映其真实的股权状况。

二、大股东申请工商登记变更的情形

1. 股权转让后：

   • 如果大股东通过股权转让方式取得了其他股东的股权，且转让协议合法有效，那么大股东可以要求公司进行工商登记变更，将转让的股权登记在自己名下。

2. 增资扩股后：

   • 如果公司进行增资扩股，大股东按照约定认购了新增的股份，那么大股东也有权要求公司进行工商登记变更，以反映其增资后的股权比例。

3. 法院判决确认后：

   • 在股权纠纷中，如果法院判决确认了大股东的股权比例，那么大股东可以依据判决书要求公司进行工商登记变更。

三、不申请工商登记变更的可能后果

1. 无法对抗第三人：

   • 如果大股东未及时申请工商登记变更，其股权变更可能无法对抗善意第三人。例如，如果其他股东在不知情的情况下将股权转让给了第三人，并完成了工商登记变更，那么大股东可能无法主张其股权权益。

2. 影响公司治理：

   • 工商登记上的股权比例是公司治理的重要依据。如果大股东未及时申请工商登记变更，可能导致公司治理结构混乱，影响公司的正常运营和决策效率。

3. 法律风险增加：

   • 未及时申请工商登记变更可能引发更多的法律纠纷和风险。例如，其他股东可能以大股东未履行变更义务为由提起诉讼，要求大股东承担违约责任或赔偿损失。

四、建议与措施

1. 及时申请变更：

   • 在符合条件的情况下，大股东应及时向公司提出工商登记变更申请，并配合公司完成相关手续。

2. 保留相关证据：

   • 大股东应保留与股权变更相关的所有证据，如股权转让协议、增资扩股协议、法院判决书等，以备不时之需。

3. 咨询专业律师：

   • 在处理股权纠纷和工商登记变更事宜时，大股东可以咨询专业律师的意见，以确保其权益得到充分保护。当然，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，也可以直接向我咨询。

综上所述，大股东在股权纠纷中是否申请工商登记变更，需根据具体情况进行判断。但通常来说，为了保护自身权益、维护公司治理结构和减少法律风险，大股东在符合条件时应及时申请工商登记变更。