结论前置：小股东不配合盖章，决议工商是否可以登记需分情况讨论，一般情况下，若决议符合法定程序和条件，即使小股东不配合盖章，工商部门仍可能予以登记；但若决议存在瑕疵或不符合法定要求，则可能无法登记。以下为详细分析：
一、决议符合法定程序和条件的情况
股东会决议的效力：
- 根据《公司法》及相关规定，股东会决议的效力并不完全取决于所有股东的签字或盖章。只要决议内容符合法律法规、公司章程，且经过法定程序（如提前通知、出席人数、表决权比例等）通过，即具有法律效力。
- 若小股东不配合盖章，但决议已经其他股东（如大股东或多数股东）签字确认，且符合法定程序，那么该决议在法律上仍然是有效的。
工商登记的要求：
- 工商部门在办理公司变更登记时，主要审查的是决议的合法性和有效性，而非所有股东的签字或盖章。
- 如果决议内容合法、程序正当，且提交的材料齐全、符合法定形式，工商部门通常会予以登记。小股东的不配合盖章，并不构成工商部门拒绝登记的法定理由。
二、决议存在瑕疵或不符合法定要求的情况
决议内容的瑕疵：
- 如果决议内容违反法律法规、公司章程或损害公司、股东利益，那么该决议在法律上是无效的。
- 在这种情况下，即使其他股东签字确认，工商部门也可能因为决议内容的瑕疵而拒绝登记。
程序上的瑕疵：
- 如果股东会决议的召开程序、表决程序等存在瑕疵（如未提前通知、出席人数不足、表决权比例未达到法定要求等），那么该决议可能被视为无效或可撤销。
- 工商部门在审查时，如果发现决议程序存在瑕疵，也可能拒绝登记。
小股东的特殊权利：
- 在某些情况下，小股东可能享有特定的权利（如优先购买权、异议股东回购请求权等），如果这些权利受到侵害，小股东可以通过法律途径维护自己的权益。
- 如果小股东因决议侵害其权利而提起诉讼或申请仲裁，且法院或仲裁机构作出相关裁决，那么工商部门在办理登记时可能会考虑这些裁决的结果。
三、建议与措施
沟通协商：
- 在小股东不配合盖章的情况下，首先建议与其他股东进行沟通协商，了解小股东不配合的原因，并尝试通过协商解决问题。
完善决议程序：
- 确保股东会决议的召开程序、表决程序等符合法律法规和公司章程的要求，以避免因程序瑕疵而导致决议无效或可撤销。
寻求法律途径：
- 如果小股东的不配合行为严重影响了公司的正常运营或损害了其他股东的利益，可以考虑通过法律途径（如诉讼、仲裁等）来维护公司的权益。
咨询专业律师：
- 在处理此类问题时，建议咨询专业律师的意见，以确保公司的决策和行动符合法律法规的要求，并降低法律风险。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的法律建议。