结论：改制未结束时，单位消除部分签字员工的合法性不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同解除的合法性角度
若单位解除劳动合同有合法依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在符合法定情形下可以解除劳动合同，如劳动者严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害、被依法追究刑事责任等。如果单位能证明被消除的员工存在这些情形，那么解除劳动合同是合法的。
- 举例：若某签字员工在改制期间严重违反公司规章制度，如泄露公司机密、贪污受贿等，单位依据规章制度解除与其的劳动合同，这是合法的。
若单位解除劳动合同无合法依据：
- 如果单位无法证明被消除的员工存在法定解除劳动合同的情形，而擅自解除劳动合同，则构成违法解除。
- 举例：单位仅因员工在改制期间对某些政策有不同意见，就以此为由解除劳动合同，这显然缺乏合法依据，属于违法解除。
二、从改制程序的合法性角度
若改制程序合法：
- 如果单位的改制程序完全符合法律法规的规定，包括职工代表大会或全体职工讨论通过改制方案、报相关部门批准等，且在改制过程中依法保障了员工的合法权益，那么单位在改制未结束时消除部分签字员工，如果符合劳动合同解除的合法情形，是可以被认定为合法的。
- 举例：单位在改制前已依法召开职工代表大会，讨论并通过了改制方案，且方案中明确规定了某些情形下可以解除劳动合同。在改制过程中，某签字员工出现了方案中规定的可以解除劳动合同的情形，单位据此解除劳动合同，这是合法的。
若改制程序违法：
- 如果单位的改制程序存在违法情形，如未依法召开职工代表大会或全体职工讨论通过改制方案、未报相关部门批准等，那么单位在改制过程中所采取的任何措施，包括消除部分签字员工，都可能因改制程序的违法而受到影响，被认定为违法。
- 举例：单位在改制时未依法召开职工代表大会，也未将改制方案报相关部门批准，就擅自进行改制并消除部分签字员工。这种情况下，单位的改制行为本身违法，消除员工的行为也很可能被认定为违法。
三、从员工签字的具体内容角度
若员工签字表示同意解除劳动合同：
- 如果员工在签字时明确表示同意单位在改制未结束时解除与其的劳动合同，且这种解除符合法律法规的规定，那么单位的解除行为是合法的。
- 举例：员工在签字时明确表示：“我同意在改制未结束时，如果单位认为我符合解除劳动合同的条件，可以解除与我的劳动合同。”在这种情况下，如果单位确实认为员工符合解除条件并解除劳动合同，这是合法的。
若员工签字并非表示同意解除劳动合同：
- 如果员工签字并非表示同意解除劳动合同，而是对其他事项的确认或同意，如对改制方案的认可、对某些政策的知晓等，那么单位不能仅凭员工的签字就擅自解除劳动合同。
- 举例：员工在签字时只是表示：“我已阅读并知晓改制方案的内容。”这并不意味着员工同意单位在改制未结束时解除与其的劳动合同。如果单位据此解除劳动合同，这是违法的。
建议：
- 对于单位而言，在改制过程中应严格遵守法律法规的规定，确保改制程序的合法性，并在解除劳动合同时有合法依据。
- 对于员工而言，如果认为单位在改制过程中存在违法行为或解除劳动合同无合法依据，可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
如有更多细节或疑问，欢迎直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。