违反工作纪律扣工资是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度合法且员工已知悉：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，公司有权制定规章制度来管理员工，包括设定工作纪律和相应的奖惩措施。
- 如果公司的规章制度是依法制定的，且已经向员工进行了公示或告知，员工在违反这些规定时，公司根据规章制度扣除相应工资，通常是合法的。
- 关键点：规章制度需合法、合理，且员工需已知悉并同意。例如，规章制度中明确规定了迟到、早退等违反工作纪律的行为将扣除一定比例的工资，且这一规定不违反法律法规的强制性规定，同时员工在入职时或规章制度修订后已经签字确认知悉，那么公司据此扣工资就是合法的。
若公司规章制度不合法或员工不知悉：
- 如果公司的规章制度违反了法律法规的强制性规定，或者未经合法程序制定、未向员工公示或告知，那么这些规章制度对员工不具有约束力。
- 在这种情况下，公司即使以员工违反工作纪律为由扣除工资，也是不合法的。员工有权要求公司补发被扣除的工资，并可能向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 关键点：规章制度的合法性和公示性至关重要。例如，规章制度中规定“员工每月迟到超过3次，将扣除当月全部工资”，这一规定显然违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），因此是无效的。即使员工违反了工作纪律，公司也不能据此扣除全部工资。
扣除工资的数额需合理：
- 即使公司的规章制度合法且员工已知悉，扣除工资的数额也需合理。一般来说，扣除的工资数额不应超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 计算公式（以扣除比例不超过20%为例）：
可扣除工资数额 = 当月工资 × 20%；扣除后剩余工资 = 当月工资 - 可扣除工资数额（且需确保扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准）。
- 关键点：扣除工资需遵循比例原则，不能过度惩罚员工。例如，员工当月工资为5000元，公司因其违反工作纪律最多只能扣除1000元（即5000元的20%），扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
建议：
- 作为员工，应仔细阅读并了解公司的规章制度，确保自己知悉并同意其中的内容。
- 如果认为公司扣除工资的行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求补发工资或调整扣除数额。
- 若沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
后续思考：
- 在实际操作中，公司制定规章制度时应遵循合法、合理、公示的原则，确保规章制度的合法性和有效性。
- 员工在入职时应仔细阅读并签署确认知悉公司规章制度的文件，以避免后续因规章制度问题产生的纠纷。
- 如有任何疑问或不确定的地方，建议及时咨询专业律师或劳动监察部门，以获取更准确的法律意见和帮助。
有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。