结论：农村耕地上建学校并每年支付租金的行为是否合法，需结合土地性质、规划用途、审批手续及合同条款等多方面因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 土地性质与规划用途的合法性

• 耕地保护原则：根据《土地管理法》第四条，国家实行土地用途管制制度，耕地属于农用地，未经依法批准不得转为建设用地。若学校建设未办理农用地转用审批手续，直接占用耕地属于违法行为。
• 例外情形：若该耕地符合《土地管理法》第四十四条规定的“公共利益需要”（如教育设施），且已依法办理农用地转用审批、征收手续，并取得建设用地规划许可证，则建设行为合法。但实践中，农村地区此类审批流程严格，需核实具体手续。

2. 租赁合同的效力与风险

• 合同效力：若学校建设未取得合法用地手续，即使双方签订了租赁合同，该合同可能因违反法律强制性规定（如《民法典》第一百五十三条）而被认定为无效。此时，出租方可能面临返还租金、赔偿损失等风险。
• 合同条款：若合同中未明确约定土地用途、审批责任或违约条款，一旦发生纠纷，双方权责难以界定。例如，若合同约定“由承租方负责办理用地手续”，但承租方未履行，出租方可能需承担连带责任。

3. 行政处罚与法律责任

• 非法占地处罚：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还土地，没收违法所得，并可处罚款（按占地面积计算，每平方米100元至1000元）。
• 刑事责任风险：若占用耕地面积较大（如基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上），可能触犯《刑法》第三百四十二条非法占用农用地罪，对直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

4. 合法化路径建议

• 补办手续：若学校建设符合当地规划，可尝试补办农用地转用审批、征收及建设用地规划许可等手续，使土地性质合法化。
• 合同调整：若手续无法补办，建议双方协商调整合同内容，明确土地用途为“临时使用”或“农业附属设施”，并缩短租赁期限，降低法律风险。
• 替代方案：若长期使用需求强烈，可考虑通过土地征收、集体经营性建设用地入市等合法途径取得建设用地使用权。

5. 实务操作提示

• 核查文件：要求承租方提供用地审批文件、规划许可证等材料，核实土地性质及用途是否与合同一致。
• 风险告知：若发现非法占地情形，应及时向当地自然资源部门举报，避免因纵容违法行为而承担连带责任。
• 合同备案：即使合同合法，也建议向当地农村土地承包仲裁机构或乡镇政府备案，增强合同效力。

总结：农村耕地上建学校并支付租金的行为，若未依法办理用地审批手续，存在重大法律风险。建议立即核查土地性质、审批文件及合同条款，必要时咨询专业律师制定合法化方案或终止合同。如有进一步疑问，可直接向我咨询建设工程或经济纠纷领域的法律问题。