针对您提出的“病假老板全扣工资怎么办”这一问题，我可以明确地告诉您，员工在持有有效病假条的情况下被扣工资，是有权通过法律途径来维护自己的合法权益的。下面，我将为您详细阐述具体的处理步骤和法律依据：

一、明确您的权益与法律依据

根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条的规定，员工在病假期间是享有病假工资的，且这个工资不得低于当地最低工资标准的80%。同时，《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条也明确指出，用人单位未依法支付劳动报酬的，员工有权依法追讨。

二、与用人单位进行沟通协商

在发现工资被扣后，您应首先与用人单位的人力资源部门或直接上级进行沟通。在沟通过程中，您需要清晰地说明自己已经提交了合法有效的病假条，并要求单位核实情况并补发扣除的工资。为了确保沟通的有效性，建议您保留相关的聊天记录、邮件、通话录音等作为证据。

三、向劳动监察部门投诉

如果与用人单位的协商没有结果，您可以向当地的劳动监察部门进行投诉。投诉时，您需要准备一些必要的材料，如身份证、劳动合同、病假条、工资条或银行工资流水等。劳动监察部门在接到投诉后，会进行调查核实。如果查证属实，他们会责令用人单位限期支付克扣的工资，并可能加付赔偿金。

四、申请劳动仲裁

如果劳动监察部门的处理没有达到您的预期，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，您需要提交仲裁申请书及相关证据材料，写明双方的信息、仲裁请求、事实和理由等。仲裁庭会安排开庭审理，并根据双方提供的证据和法律规定作出裁决。如果用人单位不履行仲裁裁决，您还可以向人民法院申请强制执行。

五、向法院提起诉讼

如果您对劳动仲裁的结果不满意，您可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。诉讼流程包括提交起诉状和相关证据，法院在受理后会安排开庭审理，并根据事实和法律作出判决。判决生效后，如果用人单位仍不履行支付义务，您可以申请强制执行。

六、寻求法律援助与咨询专业律师

在整个处理过程中，如果您感到困惑或需要更详细的法律建议，您可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师。他们可以为您提供更具体的法律指导和帮助，确保您的权益得到充分保障。

总之，面对病假期间工资被扣的情况，您应保持冷静和理智，明确自己的权益和法律依据，并通过与用人单位沟通、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁以及向法院提起诉讼等步骤来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。