当您发现病假期间公司扣除了您的工资，且怀疑这种扣除方式不合理时，您可以按照以下步骤来处理这个问题，以保障自己的合法权益：
一、明确法律法规与权益
首先，您需要了解相关的法律法规。根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》及相关规定，职工在患病或非因工负伤治疗期间，企业应按规定支付病假工资或疾病救济费，且这个费用不得低于当地最低工资标准的80%。这是您的基本权益，公司无权随意扣除。
二、核实公司扣除工资的原因与依据
- 查看公司制度：仔细查阅公司的员工手册、考勤制度、薪酬制度等文件，了解公司对于病假工资的具体规定。
- 与人力资源部门沟通：向公司的人力资源部门或直接上级咨询，了解他们扣除您工资的具体原因和依据。可能是存在误解或操作上的失误。
三、准备相关证据材料
为了证明您的病假是合理的，且公司扣除工资的行为是不恰当的，您需要准备以下证据材料：
- 医院出具的诊断证明：需清晰注明疾病名称、建议休息时长等。
- 病历本：详细反映您的就医过程。
- 医生签字并盖有医院公章的病假条：这是证明您病假有效性的关键文件。
- 工资条及银行流水：证明您的工资被错误扣除的情况。
四、与公司进行友好协商
在掌握了相关证据后，您可以与公司进行友好协商：
- 说明情况：以平和的态度向人力资源部门或直接上级说明您的病假情况，并提供上述证据材料。
- 要求更正：要求公司按照法律法规和公司制度的规定，更正您的病假工资扣除情况。
五、寻求外部帮助与维权
如果协商无果，您可以采取以下措施来维护自己的权益：
- 向劳动监察部门投诉：向当地劳动监察部门提交投诉材料，包括身份证明、劳动合同、病假证明材料、工资条等。劳动监察部门将调查核实，若发现违法行为，将责令用人单位限期改正。
- 咨询专业律师：在整个过程中，您可以咨询专业劳动法律师，获取专业建议和指导。律师将根据您的具体情况，分析法律途径和可能结果。
- 申请劳动仲裁：若劳动监察部门处理未能解决问题，您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。提交仲裁申请书，写明双方信息、仲裁请求、事实和理由，并附上相关证据。仲裁庭将开庭审理，根据双方证据和陈述作出裁决。
- 提起诉讼：如对劳动仲裁结果不满意，您可在规定期限内向人民法院提起诉讼。提交起诉状和相关证据，法院将受理并安排开庭审理。双方进行举证、质证和辩论，法院将根据事实和法律作出判决。
六、注意事项与建议
- 在整个维权过程中，务必保持冷静理性，避免过激行为。
- 及时收集和保存所有相关证据，确保维权有据可依。
- 学会保护自己的权益，了解并熟悉相关法律法规和公司制度。
- 如遇复杂或难以解决的问题，及时寻求专业律师的帮助。
综上所述，当您发现病假期间公司不合理扣除工资时，您应首先明确自己的权益，通过友好协商、投诉、法律途径等方式逐步维权。在整个过程中，保持冷静、理性，并确保所有行动都基于充分的证据和法律支持。